ドイツ入国に関して（シェンゲン協定国からの乗り継ぎ）

パリでの手続きだけで入国は問題有りませんが、
日本が9月5日以降感染危険国に指定されているので、
それ以後の入国で、しかも日本出発してから14日間危険国以外の第三国に滞在していない場合は、デジタル入国申告を行った上でドイツ入国後10日間の自主隔離を行う必要があります。
隔離は、ワクチン証明（あるいは感染して回復した証明）を提出すれば即時免除、隔離開始後5日目以降にPCR検査を受けて陰性になればその時点で終了になります。
証明書はデジタル入国申告サイトのアップロード機能によって提出します。

https://www.einreiseanmeldung.de/#/

コロナ前まで空港職員してました。はい、コロナでなにか変わったとは聞いていませんので、通常通りならそれで大丈夫です。帰りにシェンゲン協定国に入国したときのスタンプの横に、同じくシェンゲン協定国の出国のスタンプを押されます。

シェンゲン協定国が一つの大きな国のような扱いで、一回入れば中での移動は基本的にコントロールされることはありません。あ、もちろん外国人、非外国人関係なく、警察から身分証明書の提示を求められることはありますから、日本人は旅券を携帯しておかないといけません。（EUの人は身分証明書のようなカードを持っていて、域内は旅券なしで移動できます。）

回答が無いようなので…

長い事旅行していませんが、当時 入国はそれで問題ありませんでした
三ヶ月以内は他国から出国も問題無かったです

今年7月にドイツからオーストリアに行きました。その際もパスポートのチェックなど何もなかったので問題ないと思いますよ。