初めてメルボルン行きますがアドバイスをお願いします。2（字数制限で質問を追記。）

4Iventure card は色々種類があります。
https://www.iventurecard.com/au/melbourne/
多分指摘されている無料のはunlimited attractions pass ではないでしょうか？
ただこのパスの場合、アトラクションは無料になりますが、そこまでの移動は自分でという事になります。
シティや近辺のアトラクションは問題無いですが、アトラクションによってはそこまで行く方法を探したりする必要があることご注意ください。
もちろんレンタカー借りる予定なら問題ないですが。

5 バスは有料になりました。その代わりCity 中心部のFree Tran zone のエリア内のすべてのトラムが無料になっています。シティサークルは多分 Spencer st とLa trouble st の交差点あたりにStop があると思います。ただその前に書いた通りfree tram zone ないのトラムは無料です。
https://static.ptv.vic.gov.au/siteassets/PDFs/Maps/Network-maps/PTV-Free-Tram-Zone-Map.pdf

メルボルン冬近づいて来ているので着るもの注意してくださいね。

4の質問は、私はわからないので
5だけの答えになりますm(._.)m

アトランティスホテルを調べたところ
サザンクロス駅の目の前ですね。
ホテルからフラッグスタッフ駅は歩いて5分くらいだと思います。
2ブロックくらいなのでそんなに距離はないです。
ただフラッグスタッフ駅は土日(か、日曜だけか忘れましたが、)使えなくなります。
メインはサザンクロスを利用されるといいと思います(^^)

市内のトラム(路面電車)はすべて無料です。
トラムの停留所？に無料運行の範囲の地図があるので、すぐ分かると思います。(なければ、トラム車内にもあります。)

ビジターシャトルバスは2017年の8月で営業を終了したようです。

4. 完全無料ではなく、最大約40%offとなるみたいですね。選択数にも数に限りがあるそうです。
詳細と注意事項欄に、(重要）パスをご利用の際にはある程度の英語力が必要です、英語に自信がない方はお申し込みはお控え下さい。と記載がありますので、ご参考ください。
もしご利用を考えていらっしゃるのであれば、最新情報確認のためにも一度問い合わせをした方がいいかと思います。

5. トラム乗り場はホテル目の前にはありますが、そのトラムはフラッグスタッフステーションには向かいません。つまり、フラッグステーションに向かうには、徒歩＋トラム(徒歩のみでも可能ですがもしトラムを利用したい場合)という方法になります。
ツーリストシャトルバスにつきましては、過去に無料でしたが現在は有料になりました。

特別行きたいところが決まっていなければシティを一周してみたり、
少しポイントを絞っていけば一日終わってしまいます。
昔は無料のバスがありましたが、そのサービスは終わってしまったみたいです。有料の＄３５のバスがあります。が、そこまで必要でもないかと。シティ近郊をグルッと回るので街並みがどーなのか見たいと思えばいいかもしれません。
正直アトラクションもそのサービスを使うほどではないかと。。。
多分ですがクーポン雑誌程度のものだと思います。
１日であればそんなにたくさんも利用できないと思いますし。。。
リストがあったので行きたいところがあれば料金を比べて検討されてもいいかとは思いますが。
初めてであればアトラクションよりも、シティを回る、ショッピングセンターもまとまっていますし、近くにQueen Victoria Market (月曜日やっているか不明)、Botanic Garden、South Bank(Crown Hotel 外のYarra River 沿い), Flinder Station, China Town, South Wharf (DFO大きな免税店ショッピングセンター), など巡るだけでも１日十分楽しめると思います。あとは寒いですがSt Kilda Beach とか。
この前の質問に返答させてもらいましたが、英語ですが無料walking tourもあります。
Melbourne Zoo はもしかしたらオーストラリアならではのコアラやカンガルーが見れると思うのでいいかもしれませんね。私は行ったことありませんが^^;

メルボルンの街中（CBD)は市電シティーサークルトラムの他、普通の路面電車（トラム）も無料です。各停留所に「You're in the FREE TRAM ZONE」という標識があります。CBDを出て有料になる時は、「無料はここまで」とアナウンスがあるし、標識も無料の最後の停留所に「You're Exiting the FREE TRAM ZONE」と書いてあります。「FREE TRAM ZONE」でグーグルしてみてはいかがですか。

地図を見ましたが、停留所はホテルの目の前にあるようです。

４、パスについて
こちらはチケット代にそれぞれの入場料が込になるので、表記は各所
入場無料となっていますが、実質そのパス代が入場料のようなものですね。もちろんお得にはなっていますが、どれだけお一人で移動するかにもよります。遠いものも組み込まれてますので。
サイトにもありますが、長期滞在者向けかもしれません。
お一人で行きやすいとすればシティ（メルボルンと表記のある）の8か所くらいでしょうか。

５．シティトラムについて
こちら、ホテルの目の前にトラムストップあります。
また今は市内何本も走るトラム全部が無料です。（以前は緑色のシティサークルというもののみ無料でした）
シャトルバスも郊外のショッピングセンターに行くものならば無料ですね。

Booking.comは支払いもチェックイン時、キャンセル料も前日までかかりませんよ。

お日にち迫ってると思うので、早めに決まると良いですね。

４：申し訳ないですがこれの情報は持っていません。但し、３泊とかで別途ツアーにも参加されるようなので不要な気もします。
５：ホテルの近くにSpencer/La Trobeというトラム乗り場がありますのでそこを利用されるといいと思います。Visitorシャトルは廃止になったと聞いています。市内移動ですとFree Tram Zone内はCityサークルも含めてどのトラムもすべて無料ですのでこちらが便利かと思います。フラッグスタッフ駅はメトロという近郊へアクセスするための鉄道地下駅です。鉄道利用ならホテルからですとサザンクロス駅が最も近いです。　以上です。

アトラクションパスに関しては使ったことがないので詳細はわかりませんが。実際に滞在時間にどれだけ使えるのか？　どれに行きたいのか？　時間的に考えても　そのパスを買うまでの価値があるのか？短期滞在で使いきれる内容でもないですし、使いたいものだけを普通に買った方が安くなる場合もありますね。

シティサークルなどのトラムはホテルから歩いて行ける範囲です。ツーリストシャトルは使ったことがないですが...メルボルンのシティ内であればトラム、シティーサークルトラム共に無料です。ただし無料区間を出てしまうと有料です、運悪くインスペクターに見つかると罰金を取られますので注意してください。

続き、お答えします。

４＞こちらはHISの商品になりますので、直接そちらへ問い合わせた方がいいかと思います。
参考までにアトラクションパスの元サイトURL添付します→ https://www.iventurecard.com/au/melbourne/packages/

５＞ 現在シティ内のトラムは全て無料になっています。ただ、走っているストリートによって無料エリアが違ってきますのでご注意ください。Melbourne Free Tram Zoneで検索すると出てきます。

以上です。
参考にしていただければ幸いです。

４　こんなのがあるんですね。すでにフィリップアイランドとグレードオーシャンロードのツアーを申し込まれているようなので、プラスこのパスを買われるのはもったいないかなと思います。
それか、今予約してる２つのツアーをこのパスで使うという方法もありますが、多分ビジターセンターで自分で予約しないといけないと思います。
対象のアトラクションが５０％オフというのは、このパスだ半額になるということで、パスを買ってさらにお金を払うというこはないと思います。

５　去年から、シティー内はどのトラムに乗っても無料になったので、シティー内であればどのトラムに乗っても大丈夫ですよ。
このシティー内のトラム無料になったので、ビジターシャトルバスは無くなりました。

ほかのものを調べる余裕が今ないのですが、無料のビジターシャトルは数年前に終わりました。
シティーサークルトラムとはCBD内のトラムはすべて無料ですので、ホテルの近くからでも乗れます。