電動自転車帯同で乗船できるようです。
こちらをご参照ください。
https://www.oursausalito.com/sausalito-ferry-1/insider-tips-bringing-bikes-sausalito-ferry.html

詳細は、フェリー運航会社（もしくはそのサイト）にご確認ください。

9月1日であればまだ19時（夜7時）位までは明るいかと思いますので、ぜひSF観光を楽しんで頂きたいと思います。翌日は15時半のフライトだということですので、欠航・遅延などの余裕を見て、午前中早めのフライトでＬＡへ移動されたらいかがでしょうか？
そうしたら1日の午後、いったんホテルに荷物を預けて身軽になって、ＳＦ市内を観光されたら良いと思います。
効率良く市内観光するにはタクシー利用が一番です。
ゴールデンゲートブリッジは歩いて渡れます（徒歩片道45分くらい）タクシーで橋を渡り、向こう側からＳＦのダウンタウンを見下ろす景色が綺麗です。
ピア39は観光名所。シーフードレストランもあります。
そこからケーブルカーにも乗れます。

典型的（べた）な観光コースではありますが、ぜひＳＦを楽しんで行ってください。

Can I use multiple tickets at the same time on my device for family and friends?
Yes, you can activate multiple tickets at one time and they will show in the 'Active' tab under 'Use Tickets'.

一度に複数のチケットをアクチベート（活性化）することができます。Use Ticket（チケットを使う）というページの配下のActive（活性化されたチケット）というタブに、アクチベートされたチケットが表示されます。

それとは別に下記のような注意事項がありました。
The MuniMobile app currently does not support account creation and login for international customers (except in Northern America, Germany & India). Until this issue is resolved, feel free to download the app and use Trip Planner to plan your trips ahead of time. You may create a user account & purchase tickets here: Sign In - Muni Customer Portal (bytemark.co). Wait until you arrive in San Francisco to create a user account or purchase tickets on the app.

海外からはアカウントを作成することができないので、事前（米国到着前）にアカウントを作成したい場合には、Bytemak.comのポータルにログインしてチケットを購入してください。もしユーザーアカウントを作成してアプリ上でチケットを購入したい場合には、SFに到着してからであれば可能ですという内容になってます。

日中の観光地は、治安が悪いということはないと思います。どこの観光地も同じですが、すりや置き引きには注意された方が良いと思います。車上荒らしが増えているという話は聞いたことがありますが、日中であれば徒歩やバス利用でも大丈夫だと思います。ようするに人がたくさんいる場所では大丈夫ということです。

SFのCity Hall周辺は市内でも最も治安の悪い地区の一つなので、その辺りをスーツケース2つもって歩くのはあまりお薦めできないです。SF空港から市内では直行で行かれる公共交通機関はなく、どこまで乗るかにもよりますが、1－3回の乗り換えが必要になります。

英語に不自由なく、18－19歳くらいで、旅慣れているのであればタクシー利用も考えられますが、さもなければロコタビを利用して、誰かに寮まで送ってもらうのが安全だと思います。

同乗される方の人数によって車種が変わってまいります。
試飲している間、待っていてもらうのであれば、合計拘束時間での計算になります。
待っていてもらわないのであれば、Uberのようなサービスの往復分になると思います。
上記の条件をもう少し詳しく指定頂くと情報が提供しやすくなると思います。

ちなみに先日、10人のグループ向けにドライバー8時間拘束で車を手配した際は、約1200ドルでした。

SFOが米国最初の到着地になるので、いったん税関内で荷物を受け取ります。
その後、第2ターミナルのアラスカ航空チェックインカウンターまで荷物を持って行き、改めて荷物札を付けてもらってチェックインします。
SF空港は小さいので、Air Trainを待つよりも歩いた方が早いと思います。第3ターミナルを通り越してから第2ターミナルになりますが、歩いても10分かかるかかからないかくらいだと思います。

注意しなければならないのは、いったん手荷物検査場の外に出なければアラスカ航空チェックインカウンターには行かれませんので、荷物を預けた後、再度、手荷物検査場を通らねばならず、その分時間がかかります。

もし成田で、ラスベガスまで荷物札を付けてもらえるのであれば、税関を出たところに荷物だけ預ける場所がありますので、そこで荷物を預け、手荷物検査場の内側を通って第2ターミナルまで歩くことができます。

ご夫婦でのんびりされたいのであれば、車で北へ1時間から1時間半ほど行ったところにあるソノマのワインカントリーはいかがですか？　ワイナリーのゲストハウスやワインカントリーの中のこじんまりしたホテルに宿泊されるととてものんびり優雅な時を過ごすことができます。個人的にはナパよりもソノマがお薦めです。おいしいレストランもたくさんあります。大人の観光という感じです。

ホテルによりけりなので、確実なことは言えませんが、普通は宿泊客以外の荷物は預かってくれません。爆弾事件とかいろいろあったからだと思います。以前にNYの博物館でスーツケースが預かってもらえず困ったことがありました。（近隣のホテルでも預かってもらえず）アメリカにもコインロッカーが充実してくれると良いのですが。荷物を預けたいと思っているホテルに事前に問い合わせてみてはいかがでしょうか？　大きなホテルだと預かってくれるかも知れません。

https://www.clippercard.com/ClipperWeb/clipper-app
Clipperのモバイルアプリについては、動画付きでこちらで解説されています。

https://www.sfmta.com/fares/1-day-visitor-passport
Clipper でも買えることになっていますが、実際のやり方までは書かれていないみたいです。
動画を見る限り、Ticket Passというタブを選んでそこから進む、もしくはPassportが買えるKiosk端末にいって、Clipperで支払いをするという作りになっているのかもしれません。

https://www.clippercard.com/ClipperWeb/help.html
お問い合わせはこちら。電話やメールで問い合わせができます。

私はClipperを使っていないので体験談でなくてすみません。

何人で社員旅行するのかにもよりますが、完全に慰安旅行なのであれば、野球観戦の他に、ゴルフ、ワイナリーツアーなどが典型的かと思われます。
ただし、その中に一捻り加えて、チームビルディング（部署を跨いだ交流の促進）のような要素を追加するのであれば、普通のゴルフではなくパターゴルフにしてチームで対戦するとか、単なる飲み会としてのワイナリーツアーではなく、ワインの勉強も追加するとかの工夫の余地はあるかと思います。またカリフォルニアで活躍する起業家や駐在員との交流も、印象に残るかも知れません。大統領予備選挙が始まる次期ですので、これを機会にアメリカの社会科の授業のような政治、政府、歴史に関するトリビアクイズをするのも面白いかも知れません。