モデナのバスチケットはボローニャとは共通でないはずなので、別に必要となるかと思います。
バス内でコインで支払う(お釣りでません)ことも可能ですが、タッチ決済できるクレジットカードをタッチするとそれがチケットとなりますので簡単で、コインで支払うよりお得です。検札が来た場合はその決済に使ったカードを見せたら機械にかざしてチェックしてくれるはずです。
駅前に紙のバスチケットを売っている売り場もあります。少し営業時間は短いですが。よき旅となりますように！

新婚旅行中でいらっしゃるとのこと、おめでとうございます。
せっかく手配されていたのに、急なキャンセル連絡、驚かれたかと思います。お察しいたします。
ご心配されていたTrenitalia のキャンセルになった電車の返金ですが、返金はされるはずですので、ご安心いただいて良いかと思います。おそらく乗る予定だったその電車の出発日時以降に返金手続きが可能かと思います。
もしかしたらすでにキャンセルが決定している場合ですと、その日時以前でも返金手続きが可能かもしれませんが、ちょっと私も不確かです、すみません。

手続きは窓口でもできますが、オンラインで行う方が便利です。またクレジットカードで決済されていましたら、そのカードに返金されます。(返金手続きがその予定電車の出発日時以降にしかできない場合、きっとすでにイタリアをでられているかと思うので、やはりオンラインが便利かと思います。)

お二人で良き旅をなさいますよう、心からお祈りいたします。

イタリアは他の国と比べて、まだまだ現金での支払いを求められる場面、場所がありますので、5万くらい両替されておかれると安心かと思いました。もしくは足りなくなったらクレジットカードのキャッシング機能を使って現地のATMでおろすという手もありますので、お持ちのクレジットカードで海外でキャッシング可能か確認されておかれると良いかもしれません。
よいご旅行となりますように！

質問を読ませていただきました。
週末、週末明けの月曜日などは電車が混んでいることもあるので、事前に購入されるのがいいかもしれません。

まず席のランクについてはビジネスでなくても特段問題はありません。(もちろんビジネスだと広々としていて心地はいいです)
席のランク以外に、チケットの異なる条件が3種類ほどあり、列車変更できないものがスーパーエコノミー、変更料金付きで変えられるのがエコノミー、発車前であれば変更可なのが正規料金だったかと思います。
キャンセル、遅延などは心配されている通り、時折発生しますので、正規料金のものを選んで買っておかれるとそういった事態になった時にスムーズに電車を変更してもらえます。もしよろしければ1つの個人的な意見として参考になさってくださいませ！
素敵なご旅行になりますように！

ボルツァーノからミュンヘンまでの高速道路は私は利用したことがないので、ちょっとお答えできません。
混雑具合はどの時期、日によるかと思います。
またflixbus自体に関してはwifiなども付いていて、よい評判は聞きます。

ユーロシティならその路線を二度使ったことがあります。
私が使った時は10分ほどの遅延はありましたが、大幅な遅れはありませんでした。
参考になりましたら幸いです。

ハネムーンでイタリア旅行とのこと、とても素敵ですね。おめでとうございます！
電車移動の件ですが、確かに出発ホームが急に変わったり、到着時間が遅れたり、という事はよくあります。
この移動ルートだと恐らく特急列車を利用されるかと思いますが、その列車だと同じように海外からの旅行者も多いですから、大丈夫だと思いますよ。大きい駅だと電光掲示板にホームの番号が出ますし、実際に列車がホームに到着するまで確認することをお勧めします！
またホームで待っていて電車が来なければ、同じホームで待っている人に遠慮なく聞いてください。
英語のわかる人も必ず誰かいると思いますので。
急な変更がかなりの確率である、と心に留めておくと大丈夫かと思います。
また大きい駅ではスリ被害もよくありますので、気をつけてくださいね。
また質問ありましたらいつでもおっしゃってください。
素敵なハネムーンを！