グラナダ日本語情報センターというところのサイトから、例えばオーディオガイドを利用してチケットを入手できるか聞いてみられるのも良いのではないかと思います。45€しますが、ガイド付きよりはお手頃かと思います。
https://www.jp-spain.com/tourism/95/

あるいは、公式HPで行きたい日の夜中0時にサイトに入るとキャンセル分が出る時があります。これは当日まで行けるかわからないという点ではリスクがありますが、もし日本語情報センターでも取れないなどの場合は最後の手段として試されたら良いと思います。

無事アルハンブラ観光できることをお祈りします！

確かに身分証明書番号の部分のみ編集できないようになっていますね。
登録不要というわけではないと思うのですが、チェックイン時や搭乗時に必ずパスポートは見せないといけないようになっていますので、それを見せることで問題はないはずかと思います。
購入時にパスポート番号を記入せずに購入できたのであれば、当日番号が変わっていることを訊かれることはないと思いますが、もし万が一パスポート番号が違うのではと言われた場合は、更新したので、と言えば問題ないのではないでしょうか。

Vuellingはハイシーズンは特に、オーバーブッキングが多いですし、前日にオンラインチェックインが必須です。

アルハンブラの公式サイトに夜中0時きっかりに入って見てください。キャンセルになったチケットなどが出ることがあります（勿論全くでない場合もあります）。
https://tickets.alhambra-patronato.es/en/

あるいは旅行エージェントなどを通じて依頼する、グラナダ日本語情報センターにチケット＋音声ガイドなどを予約して取れるか訊いてみる、などがあるかと思います。

https://www.jp-spain.com/

（１）パラドールはチェックイン前でも荷物を置かせてもらえますか？
　　　おかせてもらえます。
（２）パラドールで軽食など食べられますか？
　　　レストランが併設されていますので食べられます。
（３）アルハンブラ宮殿は何時ぐらいの予約がよいでしょうか？時間的に、午後がよいとか遅い時間のほうがいいなどありますか？
　　　5月はまだ夏のような厳しい暑さではないので1日中何時でもよいと思いますが、他の予定との兼ね合いで決められたらよいのではないかと思います。朝は８時くらいにようやく明るくなってきてまだ肌寒いと思います。

パラドール宿泊者は夜や朝も宮殿内を見られると聞いた気がしますが（庭園のことでしょうか？）、本当ですか？もちろんアルハンブラ宮殿のチケットの購入は必要ですよね？
　　　パラドールはアルハンブラ宮殿敷地内にありますので、敷地内を散策するのはチケットがなくてもできると思いますが、チケットを購入しないと、ナスル宮殿はじめチケットのチェックポイントで引っかかると思うので購入は必要かと思います。

（４）パラドールで夕食入りで予約していますが、夜にタクシーなどでCuevas de sacromonteにフラメンコを見にいくことは可能でしょうか？フラメンコ見たかったら、一日早くグラナダに入ったほうがいいでしょうかね？
　　　勿論可能です。体力的にきつくなければでしょうか。こちらの夕食時間は２０時以降ですので、それ以前はパラドールの夕食も予約できないのではないかと想像しますが、その後に２２:００以降のショーを観に行くか、１９時くらいのショーを先に見に行って、終わって帰ってからパラドールで夕食を取るか、でしょうか。

（５）Cuevas de sacromonteのフラメンコショーがいいと聞いたのですが、他の都市で見るよりやはりここは素晴らしいのでしょうか？
　　素晴らしいというのとは違いますが、昔からサクロモンテにおいては洞窟を住居に変えてグラナダのロマ族の方々は住んでいて、それをタブラオに模様替えしてショーを行っています。その意味ではこういう場所でフラメンコを観るというのはスペインの中でグラナダだけなのです。アーティストのレベルという意味では、勿論他の都市でももっと素晴らしいアーティストのショーを見ることは可能です（セビージャ、マドリード、バルセロナなど）。

DNI以外に選ぶ項目が普通はあると思いますが（NIE外国人居住許可番号、PASAPORTEパスポート番号、OTROSその他、など）、選ぶことができないようなサイトでしょうか。選べない場合で、それを入れないと手続きができないという場合は残念ながらスペイン人あるいはNIEを持っていない人は手続きができない、ということかと思います。

1月末にサンティアゴに行きましたが、現在修復中の箇所はあっても（小規模）、ミサは通常通り行われていましたので大丈夫かと思います。
ミサは途中退場は可能かとは思いますが、できるだけ他の人の迷惑にならないように端の席に座るなど配慮はした方がよいと思います。通常途中退場する人はあまりいないとは思います。ミサは1時間弱だと思います（その日の参加者の数などによっても長さが変わったりする）。
ご参考になったら幸いです。

Santaさま
正式なやり方ではありませんが、観光目的で3か月以上滞在されたい場合は、3か月経つ前に一度モロッコなどの国外に旅行に出て、そしてまた再入国するという人たちは多くいるのではないかと思います。ただ、私自身はそれをやったことはないですし、近年の入管の状況が厳しくなっているなどの現況は知りませんので、絶対にそうしたらよいとはお勧めできるわけではありませんのであしからずですが。
正規の方法としてはビザを取得することですが、労働ビザか学生ビザしかなく、労働ビザはほぼ不可能ですので、学生ビザを取られて実際に語学学校に行く行かないはご自由ですが、とりあえず入学金を払ったり必要経費を払い、入学許可レターをもらってそれをベースにビザを取得することかと思います。そうやって来ている人はたくさんいます。

ご参考まで。

マドリード・バルセロナは勿論見る価値はありますし、滞在1週間を2か所にしてできるだけゆっくり見ることもよいかと思います。ただ、２都市とも都会ですので、私はグラナダに住んでおりますが、どちらかの都市だけでもとても疲れてしまいます。
マドリードあるいはバルセロナからアンダルシアのグラナダや郊外の白い村で1週間もよいかと思います。
8月はとにかくスペインは暑いですので(40度超えます。湿気はないのでカラカラの暑さです。バルセロナはそこまで暑くはありませんが)、昼間ずっと外を歩き回ると熱中症になりやすいので、できるだけゆったりと旅行されるのをお勧めします。

ナカコー様　

マドリード→バルセロナ(AVE)→グラナダ(飛行機)→マドリード(AVE)
が基本の動きで、トレドは一泊したいかどうかによりますが、マドリードから近いので、電車で日帰りも可能ですし、最初にマドリードに着いてからトレドに1日行き、また戻ってバルセロナ、か、最後のマドリードに戻ってトレドに行くのが良いかと思います。(地理的にはグラナダ→トレド→マドリードの順に上がっていく感じですが、新幹線はグラナダからはマドリードに直行しかないのでトレドには立ち寄りません)
サッカーはこのチーム対このチームの試合が見たい、というような希望があるのでしたらまずその試合日を見て日程を組むのが良いのではないでしょうか。
アルハンブラもバルセロナのサグラダファミリアもまずチケットを取れるか見てみらのが良いかと思います。どちらも5月でしたらとても混んでいる時期かと思うので、まずはチケットが取れるかどうかですね。

アケミママさん

アルバイシンは今はもう観光客だらけでグループの観光客もたくさん歩いてますし夜だからといって危ないことはありません。冬の寒い時期や雨が降っていたりすると普段より人気が少ないかもしれませんが、歩けます。
グラナダは他の都市に比べて比較的安全かと思います。(全くスリや置き引きなどないとはいえませんが)
バスはアルバイシンを周回しているミニバンのバスが走っていますので、疲れて歩きたくない場合などは利用されたら良いかと思います。直接乗る時に現金で払えます(1．4€だったかと思います)。