4月13日から20日までですね。お店や交通機関はほとんどやっていると思います。注意すべきは金曜日です。午後閉めるところもあると思います。
渋滞はアヤラとかSMモールなどそんなに混むとは思えませんが、普段とは変わらず、気にならない程度です。もっとも普段から商業施設近辺は混んでいますが・・・
空港送迎はセブシティからタクシーが拾えないことはないと思いますが、心配なら事前に「グラブ」のアプリに登録しておくと安心かと思います。

まず治安ですが、ITパーク、JYスクエア辺りから、マボロ辺りまでの中心部は周囲も施設内もかなり安全で、特にITパーク内は日本人女性が夜ジムに一人で行っても何ら問題ありませんでした。
住まいはコンドミニアムならセキュリティ完全です。戸建てはすごく豪華な所が安く借りられますが、ビレッジ内以外はお勧めできません。危険なのはコロンと呼ばれるダウンタウンやsquatterエリアで夜間は行かない様にします。英語は私は全く話せませんでしたが、Z会の速読シリーズを毎日30分聞きながら併せて喋るというのを1ヶ月続けたら生活には不自由しなくなりました。相手も日本人のレベルで話してくれますので、欧米の様な容赦ないトークを受けることはありません。現地での仕事は佐藤さんとおっしゃるセブポットの女性社長さんが詳しいので、タウン誌を見てください。ビザは私はSRRVというビザを取ってましたが、ペサビザも比較的簡単に取れます。もちろん観光ビザできて定期的に更新しながら長期滞在している人も多いです。エイリアンカードというのを作ります。移住はVISAが一番長くて3ヶ月くらい掛かりましたが、観光ビザで行くなら２週間で行けます（笑）コンドミニアムは家具など全部ついてますので、生活の細々したものを現地調達すればすぐに快適になります。
お手伝いさんが住み込みで8,000円から25,000円程度で雇えますし、車があれば同額でドライバーも雇えます。かなり快適です。

市内のホテルの場所に大きく依存します。混雑が激しいのがアヤラBIR近辺からラホグITパーク近辺、SMシティなどです。SMシーサイド方面は、大きな道路があって比較的渋滞は激しくはありませんが、ホテルの場所がラホグの近辺だとその辺りが大変混雑します。
市内からマクタンへの道は空いている時と混んでいる時の落差が大変大きく、注意が必要ですが、今回は通過しないので大丈夫です。
シーサイドからシラオやトップスへ行く道は、時々混雑しています。JYスクエアという施設の前にある交差点あたりまで混雑が続き、そこを超えると山道に入るので渋滞が緩和されます。
スケジュールはかなり余裕があるように見えますので、問題はないと思います。
ただし、事故が起きると、日本と違い、警察が来るまでぶつかったまま車を道路脇に移動させないのが一般的で、ちょっとした事故でも全く動かないような超渋滞にハマりますので注意が必要です。

空港専用のイエロータクシーをお勧めします。空港タクシーは料金は少し高めですが、許可が厳しいので安心です。一般の白タクは逆に私は敬遠します。他にはグラブを呼ぶというのがあります。選択は２択ですね。

ノニ石鹸がオススメです。一度使うと他の石鹸が使えなくなります。ドライマンゴーなどは定番ですが、あまり喜ばれなかった記憶があります。

浮き輪で熱帯魚でしたら、ナルスアン島一択です。あと、砂浜が綺麗と言うのであればパンダノン島などもいいと思います

韓国人はセブも同じくらいいますので、泊まるホテル次第と思います。ボホールでは韓国人経営のホテルもありますが、アロナビーチ近辺は地元企業が多いのでおすすめです。hennan Hotelとか綺麗で最高です。夜はボラカイの様にビーチのレストランでファイヤーショーを見ながら食事をすると帰りたくなくなります。
ボホールは５０回以上行ってますが、やはり絶対オススメは、バリカサグ島へのアイランドホッピングです。イルカ遭遇９０％、エルニドクラスの綺麗な珊瑚礁とウミガメのいるビーチ。絶対に押さえたいポイントです。

体験ダイビングは大手ホテルで申し込んだ方がいいと思います。それよりも、アイランドホッピングでナルスアン島に行けば、子供が喜ぶ綺麗な熱帯魚に囲まれた遊びができます。
あと、マリバゴに行くのでしたら、絶対に外せないのが、「マリバゴグリル」というレストランです。価格も安く、それぞれ独立した小屋で、チキンや豚肉のBBQ（イナサルといいます）がとても美味しいです。グリーンマンゴーのジュースも体験してみてください。

セブにフィリピン人の妻の家族がいますので、買い物などは手配可能です。しかし、問題は運賃が結構高いので、飛行機で行き来する際にキャリーしてもらうというのがいいのではないでしょうか。以前は私も毎月日本とセブを往復してましたので、知人のハンドキャリーを手伝ってあげたこともありました。

チャーターはエージェントだとやや高めです。人件費よりも車のレンタル料が高いのです。地元で車持っているフィリピン人で、日本語のカタコトが喋れる人だとかなり安いです。グラブのドライバーに事前に直接交渉で、私は車を確保しています。
ガレリアからサントニーニョまでの道は大きな道路が走ってますので時間が読めますが、ITパークやトップス近辺は時々大渋滞があり、全く車が進まないことも多いですので、注意してください。トップスは小さな観光施設がたくさんあります。日本人にとっては「なにこれ？」みたいなガッカリスポットも多いですが、新設されたトップスの夜景などは綺麗だと思います。トップスからJYスクエアを経由してITパークに曲がらずにまっすぐ行くと、右手にワインの店があります。結構ライトアップが綺麗で地元でも人気スポットです。