こんにちは！
まずは
>1日目　イスタンブール観光→夜高速バ>スにてギョレメ移動　ギョレメ泊
>2日目　気球ツアー参加　レッドツアー>申込予定　夜、夜行バスにてデニズリ>へ移動
とありますが、1日目にイスタンブールからギョレメに「夜高速バス」で行かれるなら夜はバス内での移動(バス会社やルートによりますが最低10時間ほどかかるはずです)となり「ギョレメ泊」にはなりませんし、2日目の気球ツアーは日の出を見るものには間に合わないと思います。日中の気球をご予約ならいいですが。
1日目のバス移動が日中で夜にはギョレメ到着なら「ギョレメ泊」になり日の出をみる気球にも間に合いますが、1日目イスタンブール観光もされたいようですし、飛行機での移動の方が良いのではと思います。
次にバスですが、私の周りで散々な評価なのがMetro社です。事故も多く、従業員の評判も悪いです。この会社だけはおすすめしないです。
チケットは、obiletで予約できると思います。12goは利用したことがないのでなんとも言えません。

犠牲祭中の観光ですが、観光地ですとお店が閉まる可能性があるのは初日くらいですから7日夕方ご到着でしたらさほど影響はないと思います。テロに関しては基本的な注意(大勢の人が集まるところに一番混み合う時間帯に行かない、外務省の海外安全情報の入手等々)はした方がいいでしょうが、フライトを変更する必要まではないと個人的には思います。(もちろん最終判断は自己責任でお願いしたいですが😅)
また、ご旅行期間中のカッパドキア行きに関して。犠牲祭中はトルコ人にとっても祝日で連休になりますので、カッパドキアは海外からの観光客＋トルコ人観光客で大混雑が予想されます。カッパドキア人気はトルコ人にも継続中。ですからおすすめは犠牲祭後のご旅行後半にカッパドキアです。日本のお正月やお盆は東京が空いているようなイメージで犠牲祭中はイスタンブールが割と空きます。もしカッパドキアへ旅の前半に行かれるなら移動手段(飛行機やバス)のチケットも早めの予約がいいと思います。
ご参考になれば幸いです。

トプカプ宮殿、アヤソフィア等をよく案内している政府公認ガイドさんに最近の状況を聞きました。
ご訪問予定の2月ですが一年を通して1番の閑散期といえます。おっしゃるように朝1番(オープンの9時)に行かれるなら、週末の当日券でもそこまでの大行列ではないそうです。よって優先チケットを事前購入しなくてもいいのではないかとのことです。天候にもよると思いますが(悪天候だとますます空いている)団体ツアー客も少なめで宮殿内も春夏秋に比べゆっくりみられるようです。
素敵なトルコ旅行を！

ご記載の店舗の口コミが芳しくないので不安ですが、ご購入希望商品の詳細を教えていただければ問い合わせしてみます。個別にメッセージをいただければと思います。

1月後半から2月のイスタンブールですが、お尋ねの9、10月など他の季節に比べると雨の日も多くなります。雪はほとんど降りません、降っても積もることは稀です。雰囲気は良いお天気が続く春夏秋と比較するとややどんよりしたイメージです。
また日の出が遅く日没もまだ早いですから、街並みなどの写真撮影がメインでしたら日が長い時期の方がいいのかなぁと思ったりします。
過ごしやすいのは、３〜5月や9〜11月でしょうか。

500mlペットボトルのお水について。メーカーにもよりますがスーパーですと安いものは5リラしませんが、バッカルと言われるキオスク的な個人商店ですと10リラが相場で観光地ど真ん中だともうちょっと高く売っていることもあります。またおっしゃる通りスーパーでしたらクレジットカードが使えます。バッカルは時々少額ですとクレカ利用を断ってきたりもするので要注意です。
レストランでのお酒の料金につきましてはピンキリですのでお答えが難しいですがビール1杯良心的なお店で150リラほどでしょうか？1週間ほど前に行ったイスタンブール、スルタンアフメットにあるレストランでは国産ビール1杯(330ml)で220トルコリラでした。どこのレストランでも大概グラスワインの方がビール1杯より高額になるイメージです。
ご参考にしていただければと思います。
寒い時期ですが良いトルコ旅行になりますように！

地下宮殿の夜間営業は約1年半前に始まり、以前は他の博物館同様夕方には閉まっていました。
夜間営業が始まった当時から夜の入場料金は昼の1.5倍程度に設定されています。
また毎日ではありませんが夜間サプライズコンサートなどが行われることもあるそうです。
昼間より夜は空いているのでゆっくりみられると思います。
値段の違いの理由についてのお答えにはなっていないかもしれませんがご参考まで。

ご自身がよっぽどの寒がりでない限りおっしゃっているような服装で大丈夫だと思います。ただ海辺に行かれる場合や、フェリーに乗る機会などおありでしたら風が冷たく感じるかもしれません。
足元についてはご旅行時の気候次第というか、晴れていたら普通のスニーカーがおすすめですが、雨天の場合等水捌けが悪い道も多いので防水のものが安心です。
いずれにせよ石畳など歩きにくい道ばかりですので履き慣れたものにされると良いと思います。
お天気に恵まれいいご旅行になりますように！

アヤソフィア、トプカプ宮殿、地下宮殿などは、ガイドさんの説明を聞きながらの方が歴史への理解も深まりおすすめです。またこれらの施設は入場料金もけっこうな額になります、ガイド同伴ですとガイド分は不要ですし、行列もスキップできます(アヤソフィア以外)。個別にご連絡いただければ政府公認のガイドを紹介できます。
また、ご自分たちで行っても十分楽しめると思うのは、新市街タクシム周辺の散策やガラタ橋、ガラタ塔などです。
バザールなどは冷やかしならご自分達でもいいと思いますが、欲しいもの等あればロコ同伴で価格交渉してもらうのも良いと思います。

私が旅行の際、利用しているのが
MobiMatterです。トルコですと
https://mobimatter.com/esim-turkey
上記のようなプランがあります。
今までヨーロッパや日本で使いましたが問題なく使え満足しています。