すでに指定席券を持っていれば問題ないのではと思います。途中乗車の場合でQRコードが反応するかどうかは経験したことがないのではっきりとしたことは言えませんが、改札があるにせよ駅員がおりますし、反応しなかった場合でも一度改札を出たところにも窓口があるので事情を説明すれば問題ないと考えます。オランダ人は困っていれば助けてくれるので無下に断られることはないと思います。良い旅になることを祈っております。

ごめんなさい、レーワルデンは２０年くらい前に一度訪問したことがありますが、それこそどこに何があるかわからず、歩き回った記憶があります。ただそのときもベビーカーを押しながらでしたが、結構舞われた気がするのであまり大きな町ではなかったです。
どこの駐車場がベストなのかはわかりませんが、Google mapで調べましたところ下記の駐車場は比較的街中ですし、中心地（？）のホフ広場にも一番近い駐車場のようです。価格も１時間２ユーロ、最大１０ユーロなのでリーズナブルなのではと感じます。
https://www.parkeergaragesleeuwarden.nl/parkeergarages/zaailand
ちょっと離れると水族館があるようですが、そこに行くのでしたら離れていますので他の駐車場が良いと思います。

アンティークマーケットがその日に開催されるかはわかりません。ごめんなさい。
ただその日は誰でも自由にフリーマーケットを出して良い日なので、家にある不要なものなどを地べたに並べて売っていますので、こちらで掘り出し物が見つかるかもしれませんね。
デルフトのキングスデー(当時はクイーンズデー)には行ったことがありますが、マルクト広場はオレンジ色に染まっていて楽しかったです。ハーグにしろデルフトにしろ、その光景はオランダならではですのでぜひ一緒にオレンジ色のものを身につけて楽しんでください。
その日以外でもスリや置き引きには注意して下さい。フードコートでよく見かける荷物をテーブルに置いての場所取りなどは見ていてハラハラしますので、決してしないでくださいね。
年に一度のキングスデーに観光とはラッキーです。
嫌な思いをせずに楽しい旅行のなることを祈っております。

こちらで9292で見ましたが、ユトレヒトで乗り換えも含めれば結構あります。
乗り換えなしでも30分毎にあるようです。

アムステルダムからブリュッセルに向かう場合はinternational、ブリュッセルからアムステルダムに向かう場合はB、これは各国の表記だけの問題でしょう。ベルギーでのBはベルギー国鉄です。
これらは両方ともいわゆる国鉄（日本のJR)で国をまたいで長距離を走っていますが、通常の列車で直通があるのかわかりません。乗り換えの可能性もあります。この場合ですと1等席、2等席がある列車が走っていますが、座席指定はありません。2等席はすいていれば普通に座れます。個人的には1等席を使うメリットは余り感じておりません。
また早く予約すれば安いということですが、そのシステムについてはわかりません。もしかしたらあるのかもしれません。
電車の遅れによる払い戻し等が気になるようでしたら、駅に早めに行って窓口でのチケットの購入をお勧めします。
アムステルダム-ブリュッセル間はThalys（タリス）、EUROSTAR（ユーロスター）といった新幹線のような特急が走っています。こちらはもちろん座席予約が必要です。割高ですが時間も短縮できますしおすすめです。
電車での移動ですとすりやひったくりに注意してください。
特急を利用する場合ブリュッセルMIDI駅に着きます。
個人的な意見ですが、駅周辺は治安が悪いイメージがあります。駅も同様です。おそらくグランプラスとか見に行くと思いますが、MIDI駅から1駅でブリュッセル中央駅が最寄り駅となります。そこまで電車で行くことをお勧めします。
楽しいご旅行になることを祈っています。

ロッテルダムジャズフェスティバルいいですね。日本からも藤井風さんが参加するそうですね。
送迎できるかはまだわかりませんが、どこのイビスホテルでしょうか？　何名で来られますか？　荷物はどれくらいの予定でしょうか？
ちなみにですが、空港にはタクシーもいますし、クレジットカードも使用可能です。以上情報まで。

キンデルダイクは結構街から離れていますが観光地ですし、周りに住宅もあるのでUberは来ると思います。チャーターはできると思います。タクシー会社というより日本でいう個人タクシーばかりですので、事前に予約して送迎場所、ルート、時間を知らせればよいと思います。

ノースシージャズが行われるアホイの周りははっきり言ってあまり治安の良いところではありません。ただ地下鉄zuidplein駅からは徒歩10分程度です。
Uberが当日夜中につかまるかどうかはなんとも言えません。
アドバイスできることと言えば、
地下鉄で帰れるうちに会場を出ること、
ホテルは街中の方が無難
ということです。中央駅からzuidplein駅まで地下鉄1本で15分程度でしょう。夜中2時ごろまでは動いているので、会場から歩いて帰るホテルより地下鉄1本で駅近のホテルの方が安全と感じます。
ロッテルダムはオランダでも治安が良くないと評判です。
旅行も慣れていると思いますが、せっかく来て嫌な思いをしたら台無しですので、是非楽しい思い出になるように祈っています。

植物検疫証明書取得の手伝いはできませんが情報まで。
空港免税店では検疫済みとうたっている球根が高いですが売っています。（もしかすると街中でも売っているかも）
ただしこれはこのままでは日本の植物検疫証明書とはなりません。
ただ下記の植物防疫所のウェブサイトによると、商用ではなく携行品としては問い合わせの余地があるようです。
https://www.maff.go.jp/pps/j/search/traveler.html
ですのでオランダの検疫済みという証明書がある場合はどのような扱いになるか問い合わせしてみてはと思います。

素敵な趣味をお持ちでいいですね！　空港、航空会社については詳しくありませんが、確かにスキポールは便数も滑走路も多く、ターミナルから遠く離れた場所での離着陸が多く感じます。いつも車で通るので撮影ポイントもいくつかイメージできますが、歩いていないので実際にどれくらい距離があるのか想像できません。
運転に自信があれば空港でレンタカーを借りることも一つのアイデアかと思います。
日本で国際免許を取得してくれば問題ありません。
こちらは小型車ですが自家用車があるのでお連れすることはできますが、7月となると先の予定ですので何とも言えませんがいくつか候補日を挙げていただければ対応できると思います。あと何時間くらい撮影されるのかも合わせてお願いいたします。