遅くなりましたが、出張者を連れてミュンヘンからローテンブルグに行く予定です。
ついでてよろしければ、往復お連れします。

基本的にドイツはEUの中でも最も安全な国だと思います。
日本より安全なのではと思えることもしばしばあります。

基本的に大都市の中央駅付近はあまり治安はよくありません。
特に、フランクフルトの中央駅近くは治安の悪いところがあります。
ミュンヘン駅の周りはフランクフルト駅ほど悪くはありません。　番を期すのであれば、ミュンヘンの宿泊は中央駅付近であれば、駅の北側をお勧めします。　中央駅の南を除けば、ほぼどこで問題ありません。　ローテンブルグは田舎町なので、非常に安全快適です。

もしご興味がありましたら、お連れします。
以前、出張者を連れてスタジアムツアーに参加しましたので、どんなものかわかってはいます。
ビアホールもお連れできます。

是非、ご案内させて頂きたいと思うのですが、残念ながら日本に帰国しており、対応できません。
他の方で対応できる方がいるかと思います。
冬はリンダーホフも早く閉まるので、この3か所を回られるのであれば、ノイシュバンシュタイン城は予約を入れて、時間を組み立てられることをお勧めします。

今年は発砲事件などいろいろありましたが、治安的には非常に安全だと思います。
夜1人で歩いても問題ないですし、変な人がいない分、むしろ日本より安全なところもあると思うくらいです。　特に避けた方が良い地域なども、ないかと思います。　
私のアパートの近くに移民アパートが建設されたくさんの移民の方が暮らしていますが、それでも特に治安が悪くなったとは感じません。
それよりも物件かと思います。　最近、建設ラッシュで多くの新しいアパートやマンションが建てられてきていますが、まだまだミュンヘンは物件数が少ない状況です。　そのため、家賃がどんどん高くなっているだけでなく、良い物件には何十人もの応募があり、大家さんが申し込み者の職業などを見て選ぶような状態です。
大学側にお住まいを用意してもらえるのであれば良いですが、自分で探されるようでしたら早めに探されることをお勧めします。

学生ならユーロパスの割引が使えるので安くなることも多いですが、3日間で、フランクフルト、ケルン、ミュンヘンくらいであれば、安いチケットを探した方が良いかと思います。　もちろん、ユーロパスにもクルーズは含まれません。
鉄道の予約は簡単です。同じ路線でも時間によって値段が違うため、乗り換え回数、乗車時間、価格を見て決めると良いでしょう。

既に回答されている方も多いかと思いますが・・・・。
1時間遅れることは、めったにありませんが、5－10分くらいは日常茶飯事です。
もちろん遅れないことの方が多いです。　あとは運でしかありません。

電車の出発地と到着地を確認されると良いかと思います。
基本的に、遅れるのは乗り降りが多いときなので、停車駅数が少なければ、遅れるリスクも減ります。　

Veltraなどでの申し込みが可能です。
http://www.veltra.com/jp/europe/germany/munich/ctg/183710:daytour/

ただし、冬はお城までの馬車もバスも出ていません。　そのため、駐車場からは徒歩となります。(徒歩30－40分くらい）
また、マリエン橋も冬は閉鎖されていますので、あくまでお城見学のみとなるかと思います。
お城までは雪のある坂道（除雪はある程度されていますが）となりますので、滑らない靴を用意された方が良いかと思います。

はじめまして
特にこちらは、テロや難民問題で大きく変わったところはありません。　駅や空港などに警官が増えた感じはありますが。　中央駅の周りはあまり治安はよくありませんが、深夜に出歩いたりしねければ問題ないレベルです。
ご案内できればと思うのですが、29日は出張中でおりません。