基本的にドイツはEUの中でも最も安全な国だと思います。
日本より安全なのではと思えることもしばしばあります。

基本的に大都市の中央駅付近はあまり治安はよくありません。
特に、フランクフルトの中央駅近くは治安の悪いところがあります。
ミュンヘン駅の周りはフランクフルト駅ほど悪くはありません。　番を期すのであれば、ミュンヘンの宿泊は中央駅付近であれば、駅の北側をお勧めします。　中央駅の南を除けば、ほぼどこで問題ありません。　ローテンブルグは田舎町なので、非常に安全快適です。

今年は発砲事件などいろいろありましたが、治安的には非常に安全だと思います。
夜1人で歩いても問題ないですし、変な人がいない分、むしろ日本より安全なところもあると思うくらいです。　特に避けた方が良い地域なども、ないかと思います。　
私のアパートの近くに移民アパートが建設されたくさんの移民の方が暮らしていますが、それでも特に治安が悪くなったとは感じません。
それよりも物件かと思います。　最近、建設ラッシュで多くの新しいアパートやマンションが建てられてきていますが、まだまだミュンヘンは物件数が少ない状況です。　そのため、家賃がどんどん高くなっているだけでなく、良い物件には何十人もの応募があり、大家さんが申し込み者の職業などを見て選ぶような状態です。
大学側にお住まいを用意してもらえるのであれば良いですが、自分で探されるようでしたら早めに探されることをお勧めします。

学生ならユーロパスの割引が使えるので安くなることも多いですが、3日間で、フランクフルト、ケルン、ミュンヘンくらいであれば、安いチケットを探した方が良いかと思います。　もちろん、ユーロパスにもクルーズは含まれません。
鉄道の予約は簡単です。同じ路線でも時間によって値段が違うため、乗り換え回数、乗車時間、価格を見て決めると良いでしょう。

既に回答されている方も多いかと思いますが・・・・。
1時間遅れることは、めったにありませんが、5－10分くらいは日常茶飯事です。
もちろん遅れないことの方が多いです。　あとは運でしかありません。

電車の出発地と到着地を確認されると良いかと思います。
基本的に、遅れるのは乗り降りが多いときなので、停車駅数が少なければ、遅れるリスクも減ります。　

ミュンヘン在住です。　先週ニュルンベルグやレーゲンスブルグに行きましたが、全くといって問題ありません。　シリア難民を受け入れているので、ミュンヘンんの中央駅付近には難民と思われる人が多くいますが、特に悪いことをする訳ではありません。
治安を心配されていますが、まだまだドイツは安全だと思います。　心配なさらず、ドイツのクリスマスマーケットを楽しんで頂ければと思います。

前日電車でウィーンへ行きましたが、問題ありませんでした。
ドイツ、オーストリアの国境は特には問題なさそうです。　特にザルツブルグまでは問題ありません。

ちなみに、ザルツブルグの日帰りであればバイエルンチケットを購入すると安く行けます。
ただし、IECやRJは乗れないので、急行を選んでのる必要があるので、心配な場合は普通の特急チケットを購入するのが無難かとは思います。

簡易キッチン付でマリエンプラッツ近くでは、こんなところでしょうか？
場所的にはビクトリアマルクとのすぐのところなので、クリスマスマーケットへのアクセスは便利です。
ただ、あまりヨーロッパの内装ではありません。
Derag Livinghotel Am Viktualienmarkt

ノイシュバンシュタインの他に、ミュンヘン郊外（トラムですぐにいけます）にニュンフンブルグ城というお城もあります。　とても広い敷地にあるお城なので、こちらもよいですよ。　イシュバンシュタイン城で有名なルードビッヒ２世が生まれたところです。　
他は、美術館や産業博物館、BMW博物館、レジデンスなども興味があれば、良いかも知れません。

初めまして。
難民問題は収まっておりませんが、東側で国境を閉鎖しているため、一時期と比べ、難民は減っています。　ただ難民による治安への影響はでていません。また、ドイツはテロの確率は低く、治安も悪くありません。　こちらにある日系企業もフランスへの出張を一時禁止しているところが多いですが、ドイツ国内はありません。
ミュンヘンは街中の治安もよく、特にご心配される必要はないと思います。

質問ありがとうございます。
ドイツはクレジットカードが使えるとことが少ないです。
ホテルでは大丈夫ですが、スーパーやドラッグストアでは、使えるところと使えないところがあります。（大手のドラッグストアであれば使えるところは多いですが）。　最近はクリスマスマーケット
無線のカードリーダーを使ってクレジットカードを受け付けるお店も出てきましたが、念のため現金をもっていくことをお勧めします。
アメリカのようなクレジットカード社会にはまだまだなっておりません。　クリスマスマーケットでの食べ物やアイテムは、ものによりますが、ホットワインが２－３ユーロ。（＋２ユーロデポジット）
簡単なソーセージなどは、５ユーロ前後といったところでしょうか。
ここ数週間でユーロ安になっているので、旅行には良い方向ですね。
お気をつけて楽しいご旅行になるといいですね。
また、追加質問がありましたらお知らせください。