サンフランシスコ郊外のフォスター市（サンフランシスコ国際空港から南へ車で１０分程度）の住宅街に在住してる由里子と言います。
サンフランシスコ市内在住ではないのですが、アドバイス？の一つとして書こうと思います。

ばっくり２４時間あるわけなので、サンフランシスコ観光をおすすめします。
といっても、サンフランシスコ到着後、飛行機から降りて、入国審査→荷物受け取り、を経て
空港外へ出れるわけなので、空港から出れるのは正午くらいかと思います。
（うまくいけば、もう少し、早いかもです）

まず、ここで、第一に考えないといけないのは、大きなスーツケースをどうするか。
大きなスーツケースを持ち歩いて、市内観光は大変。空港のロッカーを利用するか、SFO近くのホテルを予約し、そこへ一旦、荷物をおいて、一息ついてから市内観光へ！　でしょうか。
空港のロッカー利用すれば、ホテルへ行く時間がはぶけますが、空港近辺にそこそこの
ホテルあるので、ホテル利用でもそれほど、時間の無駄にはならないかと。
その日はサンフランシスコ空港の近くに滞在し、翌日便でロスへ向かわれるのであれば
いっそ、ホテルいって、荷物おいて、ちょっと落ち着いてから観光へ、のほうがいいかもですね。到着日のうちに、SF観光もして、また空港へ戻って、ロス行きフライトに乗るなら
空港のロッカー利用で荷物を預けるのも一案。
SFOからLAXまでは、飛行機が飛びさえすれば、１時間弱のフライトなので、
もし、SFO近くのホテルに宿泊されるのであれば、翌日は１０時から１０時半頃チェックアウトして１２時くらいのフライトをキャッチできれば、ロス到着が１時頃。みたいな感じです。
そこから国際線乗り換えですね。国際線乗り換えは出発の３時間ぐらい前についておけば
余裕ですね。

到着日その日中にロスまでいってしまうことをお考えなら、翌日は朝、ゆっくりできて
楽ですが、サンフランシスコでの時間が短くなります。

サンフランシスコで観光されるなら、ゆったりめの観光を考えて、二箇所ぐらいに絞られたほうがいいかな、と思います。

私個人のおすすめは、
　①フェリーターミナルビル。　　
　　　いろんなお店が入ってて、適度に楽しいかと
　②やっぱり、見てほしいゴールデンゲートブリッジ。
　　（フェリーターミナルからだと、距離は１０キロ程度？で遠くはないですが
　　　歩いていくには遠い距離ですね。タクシーかUBERなどの利用を）

　③フィッシャーマンズ・ワーフ
　④PIER39あたり
　⑤ソーマ（サンフランシスコで一番高いビル？）

　ゴールデンゲートブリッジは、橋までいかなくても、少し離れた場所から眺めるのもありです。

　この５つを全部は、無理なので、この中から２個所ぐらい？　うまくいけば３箇所
　行き、せっかくですから、サンフランシスコ名物のクラムチャウダーINサワードゥ、の
　夕食。
　その後、空港近くのホテルへ戻り、一泊されて、よく寝て、翌日ロスへ向かうのは
　いかがでしょうか？
　空港から市内までは、BARTかCAL　TRAINの利用で。
　不安なら、いっそのこと、UBERで。

　アルカトラズ島も個人的には行って良かった場所ですが、フェリーの時間などあるので
　半日ぐらいでは少し、難しいかと思うので、オススメの中には入れませんでした。
　いろいろ、悩まれるでしょうが、時間に無理ないプランでサンフランシスコが楽しめると
　いいですね。

Muniのチケット、1台の電話で複数チケットを共有した経験はないのですが、サイト
見ると確かに、それができると書いて
ありますね

フィッシャーマンズワーフやゴールデンゲートブリッジは、危なくないと思います。

でも、観光地から1、2ブロック離れると
危ない地域、静かで人通りが少ないが隣接してるような場所も
合ったりするから、気をつけてくださいね

このサイトに、そのあたりのことが
上手に書いてあります
https://newt.net/usa/mag-593320572

ゴールデンゲートブリッジは何度行っても、やっぱり好きな場所です

バッテリーパークあたりの海岸からの
眺めも好きです。

PIER39, Treasure Island, Twin Peaks, Crissy Field, Bernal Heights Park などでしょうか

PIER39あたりがお手軽かと。
無料だと思いますよ。花火が有料なんて、きいたことがない。
（間違っていたら、ごめんなさい）

サンフランシスコの夜は、冷えるので温かい格好でおでかけくださいね。
私は、サンフランシスコ市内在住ではなく、SFO（空港）から車ですぐの
サンマテオカウンティ（フォスター市）に住んでいますが、去年、めっちゃ
寒かったです。冬のジャケット着て見に行きました。（フォスター市の花火。家から
徒歩４分程度の近所の公園でフォスター市の花火をみました。）

10年以上前に、母、叔母が来てくれたとき、同じく、寒さに震えてはりましたよ。
日中は結構、気温あがりますが、夜は冷えるので、昼間から夜の花火まででかけられるようなら、最低限、長袖一枚は持ち歩いておいたほうがいいと思います。

楽しい滞在になりますように。

電車やバスなどの公共交通機関を利用してもたどり着くことは可能ですが、
大きなスーツケースを２個？　持って、駅のエレベーターに乗ったり、駅に到着してから
荷物を持って、歩くのは大変かと思います。

UberかLyft等（ライド）を利用、またはタクシー利用（料金的にどちらがお得かは
わからないです。）なら、荷物を持って歩くのは、空港到着後、乗り場までの間だけで
目的地の寮まで乗せていってくれるので、公共交通機関よりもいいのではないでしょうか。
（いいと思います）

1５時頃、空港到着なら市内まで混雑する時間帯にかかってきますが、
毎日のことじゃなく、到着日一回限りのことなので、利便性を優先されるほうがいいかと
思います。

公共交通機関なら
　①BARTを利用する
　　空港から、BARTに乗り、CIVIC CENTERぐらいまで乗る感じ？
　　そこから、徒歩ですね。

　②空港からSam Trans (バス）に乗る。
　　これも、降りてから、寮まで歩かないといけないですね。

　　大きなスーツケースひきずって、10分程度でしょうか？
　　はっきりと寮の住所がわからないのでなんともいえないですが
　　大変かと思います。

タクシー、もしくはLYFT等の利用を個人的にはおすすめします。

①乗車した駅に戻ります

②ツアーを扱う会社は知らないですが、
Google で調べれば出てくるかも

でも、直接ワイントレインのサイトにアクセスして自分で予約する方がええんちゃうかな？と思います
Availability も随時更新されてチェックできるし。

リンク貼っておきます
https://www.winetrain.com/

サンフランシスコ市内ご滞在でしたら、
UberかLyft利用でもいいんじゃないかと思います
SF市内からワイン電車発着駅までは45マイルほど。
車で1時間あればいけるはず

発着駅はナパのダウンタウン(端っこ？)で
住所は
1275 MckiBarry St

駅まで徒歩１０秒のホテルに4月に滞在しました。
その際に電車は乗らずでしたが、駅舎みてきました
日本人の女性が一人働いておられましたよ

③上にまとめて書きました。

全てのワイン列車が停車するか？　また降車可能かみてないけど
NapaのV.Sattuiは、デリがあり、シーフード、サンドイッチ、チーズ、ワイン買ってピクニックできる好きで手頃なワイナリーです

個人的にはNapaよりソノマの方が好きですが

他に質問あればわかる範囲でお答えしますので、お気軽にご相談くださいませ

ご質問の宿泊先についての回答じゃないんですけど、10月7日から14日の間に
サンフランシスコにいらっしゃるなら、
Fleet Weekだから、14日に米海軍のアクロバット飛行隊、ブルーエンジェルの飛行が見れますよ。

市内の治安が悪くなってるのは、悲しいですが、綺麗なところも沢山あるので、楽しい滞在になりますように。

(国内線利用時の)空港到着は、2時間前じゃなくて1時間ぐらい前で大丈夫かと
思います
(時間帯とか利用空港にもよりますが)

チェックインを事前にオンラインでしておくかどうかにもより、ですね

朝早いようなので、セキュリティも馬鹿混みってことはないと思うのです。

少し余裕持って1時間20分ぐらい前に
空港に到着してたらいいんじゃないかと思います。
チェックイン済ませておけば、空港到着後、すぐセキュリティチェックへ進めます

荷物預けもないでしょうから。
セキュリティポイントさえ通過すればゲートでゆっくり搭乗待ちするのみ。

この一箇所だけ行くなら、レンタカー借りて自分で運転し、往復もありかと思いますが、Uber やLyft利用のほうが気軽にワイン
楽しめますね

往路1泊は、いい選択だと思います。
帰路は、3時間あれば、私は大丈夫だと思います。
アメリカン、そうですね。遅延少ないように思います。
旦那がアメリカン航空の操縦士してて、Laxベースですが、遅延きかないですね。
スムーズな旅になるといいですね

空港から橋まで20マイルぐらいで、車なら35分から40分ぐらいかと思います(片道)
ただ時間帯によっては、101、混むので、
時間は順調に渋滞なく行って、の話です。
Uberなら片道50ドルくらいかな。
もう少し安いかも。あるいは、もう少し高いかも。