ドゥオモとお城の間位にあるホテルが良いでしょう。
Via MagentaにあるPalazzo delle Stellineとか、Antica Locanda dei Mercantiなど良いホテルだと思います。

夜中の移動と言ってもミラノーヴェネツィアはそう遠くないので多分２時間から３時間もかからないと思います。問題はヴェネツィアに着いてから宿を探すとなると難しいけど、どこか予約しておけば大丈夫です。列車、電車の中では昼間と同じ、身の回りに気を付けて荷物をちゃんと目の届くところに置いて(Frecciarossaでは荷物を置く場所が決まっていますが)持ち逃げされないように気を配るように。居眠りはしない方が無難です。

何がそんなに怖いのでしょう～？確かに日本と違って、バッグを忘れてもその置いた場所には残らないです！自分の持ち物は自分で責任をもって守らないといけません！
愛想笑いも絶対にしないこと！ヘラヘラ頼りない顔をしていたら狙われます！
しっかりと眼を真っ直ぐに向けて、キョロキョロしないこと！怖い顔をしている方が安全です！
何歳か知りませんが、女一人で歩けないなんて驚きです！私は23歳で初めてイタリアに来て、ずっと一人で歩いてきました。昔は(50年前)日本人というか、東洋人が珍しかったので、ミラノでも歩いていると必ず男性が後を付いて来ていましたよ！でも悪いことをするわけではなく、ただ軟派するチャンスを狙っていたようです。今は誰かに話しかけられても返事しないように！にらみつけるか、無視することです！
真昼間に到着して(マルペンサかリナーテか)中央駅までバスに乗るのは全く問題ないと思います。
ただ荷物はしっかりと持って、足元に置いたままよそ見したりしないこと、バスに積んで貰うのもしっかり見届けるようにしてください！

ミラノはそう大きな街ではありませんから、東部とか西部とか、それを言うなら北部や南部もありますが、中央に泊まるのが観光も便利だし買い物も手近にできます。中央(チェントロ)とはドゥオーモの近くで中央駅から少し離れています。電車でヴェネツィアやフィレンツェに移動されるのなら中央駅の近くが便利です。予算の都合もあるでしょうが、中央駅近くのミケランジェリとかアストーリアなどはとても安全で泊まりやすいホテルだと思います。
深夜に着くといっても中央駅行きのバスや、電車(スフォルツェスコ城の近く行き)は運転されていると思います。北駅の近くには安いホテルもたくさんありますよ。
飛行機会社がハイヤーを手配してくれると思いますが、タクシーも既定の乗り場から乗れば安全です。
マルペンサ空港はミラノから遠いので、できればヨーロッパのどこかから乗り換えてリナーテ空港を利用なさる方が便利です。

本人さえしっかりしていれば問題はありません。
派手な化粧や服装さえしていなければ大丈夫です。
客引きについていかないで、正規の場所(タクシー乗り場)から乗ることです。
言葉が通じないのであれば、行き先をきちんと紙に書いて渡すようにして
ヘラヘラ愛想笑いをしないこと。しっかりした顔で行儀よくすることですね！

距離的にはミラノがいいですが南から周りナポリへ行くのもいいですよ！

タクシーはスカラの前にたくさん待機している筈です！距離的には歩いて帰るのが良いと思いますが、心配であればタクシーでも良いでしょう！近くて嫌がられるので夜間料金にチップを足して随分高くつくと思います！

ミラノ中央駅近くのホテルが良いでしょう。
駅からドゥオーモまではとても歩いていくのは大変です。
荷物無しでも遠いのにタクシーに乗らないと無理でしょう。
駅近くに４星、３星のホテルがあります。

7月はヴァカンスに入るので街の中は人が少なくなり閉まっている店も多くなります。
とっても暑いので(日本の夏のように湿気てはいませんが)アフリカの熱気が襲ってきます。
観光客がとても多くなりますが、日本の混雑に慣れておられればなんという事はないでしょう。

９月はかなり涼しくなって日本の10月の気候に似ています。
この季節にヴァカンスに行く人も多く、まだ街の中も落ち着いています。
観光客も少なくなるので9月中旬をお勧めします。

中央駅の周辺は別に治安は悪くないしとても良いホテルがあります。
ミケランジェロとかアリストンは駅の真ん前で本当に便利ですよ。

他の地区でははPiazza Cinque Giornate、Porta Venezia,Lambrate駅、Garibaldi駅の近くなどがあります。