その辺りは人通りも多いので、日没直後ぐらいであれば極端に危険になるという場所ではないかと。
特にPetoronasのところは深夜0時近くまで観光客がいますので日没直後程度はあまり問題を感じません。(もちろん警戒するに越したことはありませんが。)

The River of Life周辺はマスジットジャメ、中華街、ムルデカスクウェア、KLシティギャラリーと観光場所が多いので午後からそちらを周り、The River of Lifeを日没直後に見たあと、LRT(Pasar seni駅からKLCC駅)で一本でPetronas Twin Towerにいけますので、その順番が良いかもしれません。

Bukit BintangからThe River of Lifeの最寄りPasser SeniかMasjid Jamekまで乗り換え一回必要ですが、それほど難しいものではありません。Google Mapを利用すれば特に迷うことも無いと思います。

KLセントラルには案内板が出ておりますので大丈夫かと思います。

どちらが便利か、という点は行き先によって来るかと。
路線図も券売機の近くに有りますので、それほど困る事は無いのでは？という印象です。
分からなければ、近くの人に聞けばすぐに教えてくれます。(マレーシア の人達は忙しいと断ったりする事はあまり無いです。)

渋滞はひどい時間もある、というものです。平日は朝と夕方の通勤時間が酷いですがそれ以外はそれ程でも無いです。休日はひどい事も有りますが平日に比べればそれほどでも。
Google Mapの案内機能を利用して表示される時間から極端にズレる事はあまり無いですね。

どちらかと言えばKLCC/Bukit Bintang 地区の方が良いのかな？という印象を受けました。

まず、毎日出かけて飽きないか、という点は徒歩圏内であればモント地区よりKLCC地区の方が豊富です。また、モント地区と呼ばれる場所内でも歩いて移動するには不便な場所であり、車移動をする方が多いです。ですので、配偶者様が車の運転をしない場合、基本的にタクシー移動となります。運転可能で結局車を出すので有れば、KLCCからモントに移動するのもそれほど負担感はないですし。

また、モント地区には家族連れ、KLCC地区には単身か夫婦二人という方が多いです。ご夫婦二人という事ですので、KLCC地区の方が同じ境遇の方が多くコミュニティも広がりやすいかと。

職住が近いという点はもちろん魅力的ですが、渋滞時間を避ければ片道30分有れば充分大丈夫かと思いますので日本での一般的な通勤事情に比べてそれほど悪化するものでも無いのかなと思います。

以上がクアラルンプールに住んでいて感じるところです。
もちろん、事務所近くに同じ赴任者が多くコミュニティが作りやすいと言った事情もあるかと思います。ですので、仰る通り来てからじっくり選ばれるのが一番良いかと思います。

自分で実際にハリラヤハジにモスクへ行った経験がなく曖昧な情報で申し訳ありませんが、、、

当地ムスリムの友人に確認したところ、犠牲祭(ハリラヤハジ)のイベントがあるため混雑はするが一般開放は通常通りとの事です。(お祈りの時間を除いた開放)

イベント内容としては犠牲祭という名の通り、生きた牛や山羊、羊等を屠殺、解体して参列者に食事を振舞うとの事。
ムスリムで無くても動物を抑えるロープを持って参加する事もできると話をしておりました。

そういったものが苦手な場合は避けて頂いた方がいいかもしれません。

また、一般的にムスリム向けの店の多くは休業となるとも話しておりました。(中華系のお店は特に関係無いとも)

曖昧な情報で申し訳ありませんが、お役に立てれば幸甚です。

観光で行くのであれば、プトラジャヤにあるピンクモスクか、シャーアラムに有るブルーモスクがお勧めです。
どちらも片道1時間有れば大丈夫です。

綺麗な見栄えであればピンクモスク、
解説付きが良ければブルーモスクがいいかと思います。

注意点として、二点ほど。
一つ目はモスクはムスリムの礼拝の場であり、一般開放はついでの扱いです。その為、開放時間が制限されていたり、曜日によって違います。訪問前に確認された方がいいです。
服装は現地で羽織るものを渡されるので、気にする必要は有りません。
私もサンダルとTシャツ短パンで訪れたことがあります。

二点目はブルーモスクの場合、周りに何もないのでグラブカーも少なく拾いにくいかもしれません。よって帰りの手段も考えておく方が良いかもしれません。。。普段、自分の車で行ってしまうのではっきりとは分からず申し訳ありません。
ピンクモスクは街中ですので、割と拾いやすいかと。

KL市内は混んでいる可能性もありますが、空港から市内まではそれほど混みません。空港が郊外に有りますので。ですので大体のケースでは1時間あれば大丈夫です。

また、マレーシアではUberはGrabに事業を売却して撤退してしまったのでGrabをご利用頂くのが良いです。(他のアプリはイマイチです。)
もし、空港で直ぐにSIMカードを購入され荷物も多くないのでしたら、空港からGrabを利用するのがおススメです。
Grabは空港と市内間を片道RM65(高速代RM10程度を除く)を売りにしておりますので。