急なキャンセル！あまり聞いたことがないのですが
大変ですね。
Treniitaliaからの連絡であれば、Treniitaliaのキャンセルポリシーかと思い
下記のサイトを見てみました。
https://www.trenitalia.com/it/informazioni/richiesta_di_rimborso.html
ざっと訳すと：
国際路線だと、キャンセルに対する払い戻しは、購入したチケットのポリシーに従って
可能な場合は、20% の控除を適用し、払い戻しをリクエストできる。
予約した列車の出発時刻前までに払い戻しをリクエストできる。
返金はどうネット購入したチケットに対してのみ、
サイトまたはトレニタリアのアプリの予約エリアでキャンセル機能を使用する。
サイトまたはコールセンターを通じて購入したチケットについてのみ、
コールセンターに電話またはのサイトで利用可能な適切な Web フォームに記入。
チケット売り場、チケット購入した旅行代理店まで問い合わせることも。
予約した列車の出発時刻を過ぎた場合、払い戻しはできない。

https://www.trenitalia.com/it/informazioni/la_guida_del_viaggiatore/i_rimborsi.html

↑こちらに、列車の運休や遅延などの理由による払い戻しな理由については、
全額返金可能というような記述もあります。
ただ、手続きはチケット売り場、サイトで利用可能な適切なウェブフォームに記入（チケットレスチケット）、 アプリまたはコールセンターを介してサイトで購入したチケットレスチケットの場合は、コールセンターに電話、 郵送にて「Trenitalia S.p.A., Complaints and Refunds Office, Piazza della Croce Rossa 1, 00161 Rome」まで連絡と、同じ方法が書かれているようです。

ただ、先方のダイヤ変更などでのキャンセルであれば、届いたメールの中に
列車の変更であるとか、別の手続きについての記載があるのではないかとも
思われます。予約した電車と同日発の別の電車に変更なら（おそらく同じように
窓口か、メールや電話で連絡をしないといけないかと）できる可能性が高いかとも
思われます。

10/7前にミラノに余裕を持って来られるのであれば、
電車出発前ならば返金、変更手続きに間に合うでしょうから、
電話が不安な場合は直接、大きな駅（中央駅、ポルタ・ガリバルディ駅、カドルナ駅
など）の発券窓口に行けば、（週末など日によっては結構混むので余裕を持って
行かれたほうが良いかと）英語での対応もしていただけるかと思います！

無事に返金等できますよう。良いご旅行を！

夏のコモ湖、いいですね！
確かに、カドルナ駅からComo Lagoに行けば、湖は近いですが、（Googleマップで、
Milano Cadorna発　Como Lago着で検索してみてください！）
中央駅から出発するなら、Como S. Giovanniでも、街を歩きながら湖に出るのも
楽しいですし、悪くないと思います。（時間的にはカドルナに出るより効率が良い気も。）

コモ湖も素敵ですが、パスポートを一応持って同じ方面に向かう電車（チューリッヒ行きとか
色々あるかと）に乗れば、スイスに入ってChiassoやLuganoまで日帰りで行けちゃいます。
その場合はコモ湖のお隣のルガノ湖を見ることができます。

両方素敵なのでもう、気分で行き先を決められたら良いかと。
夏は日が長いので、時計を見ていないととんでもなく時間が過ぎている時が
あるので、そこはお気をつけて。
（もし行き先がスイスの場合、スーパーは７時きっかりにしまったり、日曜は閉まってたりします。）

最近物騒なので、またイタリアは忘れ物は滅多に戻ってこないので、電車の中での手荷物管理、
そして中央駅はやはり、スリやジプシー、あまり良くない感じの人もいるので、
お気をつけください。
なるべくお財布を駅で出さなくて良いように、買えたら往復きっぷを買うか、
到着したら帰りの分の切符を先に（遅い時間になって焦ったり、おみやけとかで
手が塞がらないうちに）買っておくのも良いかもしれないです。

素敵な旅を〜！

とてもアドベンチャーな旅ですね！
試しにイタリア語のサイトを見て、10月でチケット予約ができないか
確認してみたら、SNAVという会社の、でも10/1だけ
Spalato19:30 01 ott 2023 →Ancona07:00 02 ott 2023 95,00 €
というのは出てきましたが、バーリは出てきませんでした。
カレンダーの10/1以降は、検索時に青いマークがまだ出ないので
カレンダーがまだ出ていないと思われます〜。
以下、探したサイトのリンクです。
https://it.netferry.com/?_gl=1*1aw8dp*_ga*MTE2OTU1OTc4OS4xNjg2NDA5NjA3*_ga_F9WE4SN0C3*MTY4NjQwOTYwNy4xLjEuMTY4NjQwOTY1Ni4wLjAuMA..*_fplc*SXNvc25mQm5FSGw5MUg5b0Vzck1IT09IRSUyRnUwVnFHV2tDc294b0tuTXlQNENQQVUlMkI5SkRBM20xd1IlMkZBRDVqOVA2JTJGM2RkODhuN3JyJTJGWG1mcXlrRDRkZGE3bkZtY05jRFVaenhqdk5hWWluTXhIRVB2NGtRY2VFJTJCT010WDRRJTNEJTNE
良いご旅行を！

こんにちは！イタリアのインフォメーションは具体的じゃないので困っちゃいますよね。
最近免税手続きが電子化されると聞いています。今までだとおっしゃる通り郵送などが
必要だったかと思いますが、もしこのバーコード（私も実物見たことないのでわからない
ので、他の方が知っていただもっと具体的になるかと思います！）が電子手続き完了
で発行されたものであれば、数日後に登録したカードに払い戻しがあるかと。
マルペンサの空港HPだと、空港で帰国手続きをする前に、Tax Refund提携会社の払い戻し窓口でインボイスを渡すと、すぐに現金またはクレジットカードで払い戻しを受けることができます。と書いてありますが（https://www.milanomalpensa-airport.com/it/negozi-ristoranti/rimborso-iva#:~:text=In%20aeroporto%20puoi%20facilmente%20richiedere,da%20tutti%20gli%20oneri%20burocratici.）、
PlanetのHPを見ると、クレジットカード、電子マネーですぐに対応みたいなフレーズが
見られるので、きちんと払い戻し先を登録さえしていればおそらく問題はないかと思われます。
実体験ではないので、おおよそのお話ですみません！もうすでに何日かたっている場合は、
クレジットカードの会社に問い合わせを入れてみるのも手かと。
返金すぐにあると良いですね！