まず予め申し上げますが、ベトナム国内での違法行為に相当する内容については、私からは一切推奨もご提案も致しませんのでそのつもりで回答します。

買うだけなら新車でも中古でも何でも買えます。外国人だから買えないということはないです。
現に私は新車で購入してます。
外国人が買えないと言ってる根拠は、購入後のナンバー登録と登録証明を取得するのが手間だからと、実際に公安が発行する居住証明（一時滞在許可が必要）がないとナンバー取得できないからです。つまり短期ビザで入国しても居住証明を取れないのでナンバー登録できない。故に外国人は購入できないという根拠です。
ベトナムでも当然ナンバー登録なしに公道を走ることはできず、またナンバー取得と同時に所有者であることを示す登録証明書を発行してもらうのですがこの登録証明書が無いと公安に事故や交通違反等で捕まった際に所持してないとバイクの所有者と認めてもらえずバイクを没収（一時保管）されます。ナンバー登録は外国人でも可能です。私の場合は正規のホンダショップで購入したのですが、その際はナンバー登録の申請手続きは手伝ってくれました。ただ、実際の申請は本人が行かなければならないので会社のベトナム人スタッフにも協力してもらいました。
日本人一人ではかなりハードルが高いのは事実です。

貴殿がどういった形でホーチミンで生活するのか知りませんが、労働許可をもらってベトナムに一時滞在するのであれば、普通にベトナム人同様にバイク購入もナンバー登録も可能です。
ただ登録手続きが面倒と思うのであれば中古バイクを買う方がいいでしょう。
中古バイクの売買の際には登録証明書も一緒についてきますから。
なんですが、中古バイクを購入する際に以前は前の所有者が持っていた登録証明書があればOKだったのですが、2017年1月から法令が変更になり所有者の変更手続きが必要になりました。つまり使用者と所有者の名義が異なる場合は名義変更をしないといけなくなりました。
これは私自身やったことないので、判りませんがベトナム人は知ってると思うのでやはり現地の人に助けてもらうのがいいでしょう。

現実の話をすると、そういった登録証の名義変更をしなくても乗ってる人（外国人も）はたくさんいます。もっと言えば運転免許すら持っていない人も多くいます。それを当たり前と思っている人も残念ながらたくさんいます。まだそういう意味でモラルやコンプライアンスに対して成熟した国ではありませんので、どのようにもバイクを購入する、運転する手段はあります。どう考えるかはあなた次第です。

移動を苦にしない方であればスケジュールは問題ないでしょう。。
市内観光だけなら1日あれば十分です。観光名所ってそんなに多くないですから。
気になるのはJL79便は未だ薄暗い早朝に到着するのですが、ホテルのチェックインは午後かと思います。RRホテルは荷物は預かってくれると思いますがおそらくチェックインまでお部屋には入れないでしょうから、それまでどうするか考えておいた方が良いかもしれません。
ホテルからはドンコイ通り、グエンフェ通り、レロイ通り、ベンタン市場あたりなら歩ける距離ですが、9時過ぎまでは殆どのお店は開店してないと思います。

ちなみに、私はこの逆パターンで時々日本に帰ってます。^^;
金曜日の夜JL70便にて日本に向かい、土曜朝着で自宅に1泊、日曜深夜のJL79で月曜朝着でホーチミンに戻るという強行を年に何回あやってます。これは日本発着の安い往復航空券を早割りで購入してる副作用というか払い戻しもできないためもったいないから使っちゃうっていう感じです。。。

西暦の年末年始は通常営業していますよ。1月1日は祝日ですがお店が休むことはありません。
ベトナムは中国同様に旧正月が年末年始の祝日（連休）となります。旧正月ではホテルや大きなレストランを除いて休みを取るお店が多いです。

ご自身でも既に確認済のようですが、クレジットカードはVISA、Master、JCBが使えますがベトナム国内で発行されたカードしか使えないようです。つまりベトナムのどこかの銀行に口座を持っていて、その口座で作られたクレジットカードしか使えないということになります。

影響というか、、ワンストップをどう考えるかだけですね。
ベトナム人目線でみると格安のワンストップはそれほど需要ないかもしれません。なぜならたくさん荷物を持ち込むことが多いから。。。LCCだと荷物の量で運賃が高くなるケースがあるので敬遠する場合があるでしょうね。
ホーチミンは直行で6時間程度ですが、ワンストップだと最短でも10時間はかかるし乗り継ぎ便次第で15時間～1日ということにもなるでしょうね。。要は時間をとるか安さを取るかですね。

そういう意味では台湾経由じゃなくても他にも格安便はありますよ。
韓国(仁川）経由、香港経由、バンコク経由とLCCを駆使すると安くあげることは可能です。

ちなみにこのバニラエアのホーチミン線はベトナム発でも購入可能みたいですよ。Webから予約可能でした。

お得というのであれば、街の両替店での両替が一番良いと思います。
為替レートも空港やホテルよりも良いと思います。
空港からすぐに現金が必要なのであれば空港で両替するしかありませんが、まず日本の空港での両替はレートが悪いので両替するならベトナムの空港でする方が良いです。空港内の両替店はお店によってレートが違うのでレートの確認必要です。
両替店以外でVNDにする方法としてはクレジットカードにてATMから引き落としすることも可能です。PLUSやCirrusと提携しているカードがATMから引出し可能です。但し、一回の引き落とし額の上限が2,000,000VND～4,000,000VNDとなっていて一回あたり30,000~50,000VNDの手数料を取られます。提携銀行ATMにより引出上限や手数料が異なります。また通常クレジットカードの為替レートはあまりよくないです。ベトナムで50万円以上使う予定がないのであれば日本円を現金で持ち込んで市内の両替店にて必要額だけ両替する形が一番賢いかと思います。

Agodaを普通に利用してますが別に問題無いと思いますけど。
予約が入っていない等のトラブルはAgodaの問題じゃなくホテル側の問題かと思います。
特にベトナムでは3★以下のホテルは予約管理がいい加減なところがありますね。

10月ですと南部、中部はまだ雨季ですね。特に中部（ダナン）は雨季真っ只中かもしれませんね。
ベトナムが初めてで観光がメインでしたら世界遺産を中心に以下参考。
大体のホテルでツアーを頼めます。
ハノイ拠点　。。。　ハロン湾（1日）、サパ（2~3日、日帰りは無理）、ハノイ市内、タンロン遺跡、ホーチミン廟等（1日）
ダナン拠点　。。。　ダナンビーチ（そもそもリゾート多い）
　　　　　　　　　　フエ（王宮巡り）（1日）、ホイアン（1日）、フォンニャー洞窟（1日）、ミーソン遺跡(1日)
ホーチミン拠点。。　メコン川ツアー（1日）、ブンタウ（1日）、ダラット（2日)、市内（1日)

ツアーの場合は大体ネットで検索できます。乗り合いや１台貸し切り等もいろいろありますが、日本でツアー申し込むよりは現地でツアー申し込んだ方がはるかに安上がりかもしれません。

もうベトナム入りしてるのでしょうか？
ビジネスに関してはお力になれるかどうか判りませんが、詳細お話しいただければ。