お答えします！
地下鉄や街中で見る日本人の方は、ニューヨークと書いたガイドブックを持っているかたをちらほら見かけます。携帯で見ている人はこちらからわかりにくいこともあってガイドブックの方が目立ちますね。
アプリは場所の確認とか現在地を知るのに使っているのかもしれません。私の友人がグループで来た時そうでしたから。他の国の方は大きく地図を広げていますが、日本人はガイドブックの小さなエリアごとの地図を見ています。うまくガイドブックと携帯を使い分けてますね。
便利なツールは本と携帯以外に見当たりませんが、地下鉄マップをダウンロードしておくと便利かと思います

お一人では不安でしょう。もし日程、条件など都合が合いましたらガイドできますよ。

お答えします！

①エンパイアステートビルからの夜景は深夜0時過ぎでも綺麗に見えるのでしょうか？

答、ニューヨークの街中は夜がキレイです。深夜過ぎても夜景は見えますよ。
セントラルパークのところたけが、ぼっかり四角く真っ暗なのでおもしろいですよ。基本的にエンパイアステートビルは天候不良がない限り、現在365日、8amから2amまでの営業なので深夜0時でも問題ないです。

②リバティ島行きのフェリーチケットは当日でも買えるでしょうか？

答、当日でも買えます。フェリー乗り場の手前にチケットブースがあります。季節、曜日、時間によって長蛇の列になることもあるので、オンライン予約をオススメします。

③ペンシルバニア駅近くでAM7:00くらいから朝食取れる店はありますか？

答、ニューヨークのカフェは朝早くからあいているところもあります。
どのようなボリュームの朝食かわかりませんが、パン、コーヒーなどカフェ朝早くからあいているところもあります。ペンステーションから少し歩けば、24時間営業のダイナーという日本のファミレスのようなものもありますよ。

④JFKから国内線に乗る予定ですが、よく2時間前とか言いますが、実際はどれくらい前までに搭乗手続きすればいいでしょうか？日本で国内線に乗る時はいつも1時間前位です。

答、航空会社によっても変わるかと思いますが、私も以前は2時間前に行きました。日本の国内線より早く行くことをオススメします。アメリカの国内線は早く搭乗口が閉まると聞いたこともあります。