①マクタンからセブシティ中心部までは車で片道40分くらいですが、渋滞に巻き込まれると最大2時間掛かります。JパークからですとCCLEXという高速道路を使うと便利かと思います。
②サウスバスターミナルから長距離バスが出ています。
③乗り継ぎや渋滞状況がラッキーならバスで4時間ですが、後述の理由により6-7時間見ておいた方がいいです。タクシーでも4時間くらいは掛かります。
④慣れない人がバスで行くのはお勧めしません。セブのバスには時刻表やバス停らしいバス停が実質存在せず、ある程度乗客が乗り込んだ時点で出発し、自分が降りたいところで運転手にその旨伝えてバスを止めてもらいます。また、セブ市を抜けると英語が通じにくくなり、基本バスの中でのコミュニケーションにはビサヤ語が使用されます(親切な乗客は通訳してくれるでしょうが…)。
始発や終電などの時間帯は慣れない外国人が初めて使うには治安面で不安があります。

東京から長野県に行くような距離感のイメージをしてもらえるといいと思います。早朝から出発してツアーなら日帰りで戻ってこれますが、バスだと最悪その日のうちにマクタンに戻って来れない可能性を考慮すべきです。

台風でない限り、セブの天気予報は当てになりませんよ。1日のうちに、晴れて夕立のようなスコールが降ってと天気が変わります。
アイランドホッピングは海の底が見えるような浅瀬(1-2m)を渡るのと、ライフジャケットも着用なので、深刻な事故はあまり想像できません。
ウニを踏んで号泣とか、無人島で遊んでいる時に子供が岩場で腕を切って、ツアーを早くに切り上げて病院直行というのは過去にありました。

セブ島でビーチがあるのは空港のあるマクタン島で、地名としてはラプラプ市と呼ばれます。セブ市は言わば大阪みたいな感じで、海も港になっているので大阪港、大型船が往来していてテトラブロックがいっぱいあるようなイメージに近いです。スラム街もありゴミが浮いています。

ローカルビーチは着替えやトイレといった施設、遊んでいる間の荷物管理も含めて日本人、特に女性が使うには不安しかないと思いますので、満足度を求めるならプライベートビーチまたはアイランドホッピングだと思います。

プライベートビーチも場所によりますが、マクタンだと沖縄より劣ります。個人的にはツアーで行けるアイランドホッピングをお勧めします。
高級ホテルの日帰りプランはday useと呼ばれており、1人2000ペソくらいでランチ込みのところが多いと思います。

もしジンベイザメウォッチングでオスロブまで遠出するのであれば、その周辺の海は澄んでいて綺麗です。

個別に対応している学校がほとんどだと思われますので、行きたい学校に直接問い合わせすると良いかと思います。
表向きに通学コースを設置するとそっちの方が安くて良いという層が出て商売的にアレなのと、イレギュラーとトラブル対応(ビザ更新手続きや住居のクレームなど)は基本学校は関与せず自力でやることになるとおもいます。

1. もしセンター試験レベルの知識を既にお持ちであれば、Netflixを利用した単語,表現のインプットとリスニングの強化をメインに学習されてはいかがでしょうか? (英語音声＆英語字幕)

そのレベルに満たない場合は、中学英語の復習と高校単語の復習を行ってください。

"効果的に"海外留学されたい場合は、このレベル到達していることが望ましいです。
映画も問題集も、色々やるより一つのものを完璧に分かるようになるまで何回も使ったほうがいいです。

同時並行して、英語で日記を書く(ツイッターやインスタなどの分量で毎日できるだけ続ける)、独り言を英語で意識してみると良いと思います。

2. 個人的に、アクセントの違いは日本人初学者〜中級者までは認識できませんので(全部同じに聞こえます)、意識しなくて良いと思います。

勿論慣れてくると、英語を聞くだけで、この人はどこどこの国の出身だなと分かるようになります。もしイギリス英語とアメリカ英語の違いを体験してみたい場合は、Netflixのルシファーを視聴してみてください。主人公のルシファーは典型的なイギリス英語、その他のキャラクターはアメリカ英語です。

日本や韓国など色んな国が母国語や元占領国に影響を受けた訛りや語彙を持っていますので、将来働きたい国が既にハッキリしているのであれば、その国がベースとしているアクセントを中心に学んでいけばいいと思います。

くり返し言いますが、中級者まではこれらのアクセントを意識する必要はありません。

留学先については、半年ですと費用面でフィリピンが候補に上がるかと思います。

もし冒頭で書いたレベルに達していない場合、スピーキングが全然である場合は、フィリピンで効果的に中級者レベルまで持ち上げられると思います。

逆に既にセンター試験や国公立の二次でそこそこ点が取れるレベル、英検であれば準1級以上にチャレンジしている、仕事などで外国人観光客との会話には慣れている場合は、フィリピンで半年は正直物足りないと思います。
費用が張っても母国語が英語の国、色んな国の人とグループレッスンが受けられる環境をオススメします。

フィリピン、ニュージーランドであればそれぞれ1年以上の滞在歴がありますので、より詳しくアドバイスが可能です。

雨季と言っても梅雨ではありません。日本の夕立のような雨がどちらかというと多め、程度で認識すればよいと思います。
ジンベイザメツアーなど、夏休みの時期は非常に混み合います。朝4時に出発したとしても整理番号が100番台、数時間待ち、などありえますので、できるだけ平日に予定を組まれることをお勧めします。ボホールも同様でフロートレストランがかなり混み合い1時間～2時間待ちとなります。それを見越して帰りの船のチケットをお取りになると良いかと思います。

日本語対応してくれるダイビングショップはいくつかあります。
語学に自信がないのであれば、多少高くてもツアーにお任せして安全をお金で買うのが一番だと思います。海のことは下手をすると命に関わりますし、安いショップは韓国経営の所が多く、ツアー客への説明が全て英語か韓国語というところもあります。
私が知っていて信頼できるショップですと大雑把にですが1人5000円くらいです。

古着ショップが至る所にあり、ウカイウカイと呼ばれています。
安いもので50ペソ～購入できます。肌着等は近くのスーパーマーケットで購入するか、100均などで日本であらかじめ用意されておいた方が価格面・品質面の双方で良いかと思います。

フィリピンではfacebookが盛んなのでうまくいけば見つかるかもしれませんが、短期間の契約ですし、まず期待しない方がいいと思います。フィリピン人はかなりアバウトで、交通渋滞もひどいので、個人の場合は１時間レベルの遅刻などは日常茶飯事です。
可愛い子がいいということなので、出会い系やビキニバーのような所で女の子を探して、その子についでに英語を教えてもらう、と言う流れが一番現実的かと思いますが、その場合は英語よりビサヤ語の方が詳しくなるかもしれませんね。

①仰る通り、1000ペソ、500ペソは使いにくいです。
高校生ということなので、一人でどこかに行くということはあまりないかとは思いますが、特にタクシーやジプニー、トライシクルに乗る機会があるのであれば、大きくても100ペソ紙幣を用意しておいた方がいいですね。ぼったくりも多いので、語学学校で主要な場所へ行く際の相場は聞いておいてください。
大きいお金はショッピングモールなど大きめのショッピングエリアへ行く際に出来るだけ「崩す」ことを意識すればいいかと思います。
為替レート的には約2倍すれば日本円になります(1000ペソ＝2000円)が、物価感覚を加味すると、10倍したくらいが現地人の金銭感覚になります。(1000ペソ＝1万円)

②日本円そのままでは、まず使用できません。