移動およびおすすめ場所について

８月上旬にプラハinフランクフルトoutで旅行を予定しています。
プラハ→クラクフ→フランクフルトをめぐるのですが、この区間の移動は電車、バス、飛行機どれがベターでしょうか？ちなみに小学生２人を連れていきます。
また、ほかにお勧めの場所があれば教えてください。
日曜日朝着なので、プラハの蚤の市はいけないかと思いますが、他に蚤の市、フリマが暴教えてください。