ローマからルッカ、フレッチャビアンカとピサからの座席について

トレニタリアの公式サイトから予約をする時
座席指定ができますが、進行方向は1両目が先頭で間違いないでしょうか？

 どちらが進行方向かは、分かりかねます。

そして、ネットで検索すると「最後尾の1人掛けは優先席」という記述もあるのですが、健常者が選択しても問題ないでしょうか（実際に選択可能です）？

私はピサに行く時は、その席をいつも取っていたのですが、特別問題はありませんでした。
反対にその席を予約していたのに、先にどこからか乗ってきていた人が、勝手に自分のスーツケースを一人がけの席横の空きスペースに置きっぱにしてあって、車掌が来たときに文句を言いましたが、持ち主が分からなかったので、スルーされたこともあります。

また、二等席の1人掛けでも良いかなとも思うのですが、1等と2等では治安に大きな差がありますか？

治安に関しては、確かに2等と一等で、多少は違うとは思いますが、それほどの違いはないかと思いますが、流石に一等の場合は、人の予約席に勝手座る人は少ないと思います。
フレッチャビアンカに乗る人自体、あまりお行儀は良くないかもしれませんが、
だからと言って、危険な人ということではありません。
行儀が悪い人を避けたい場合は、私はイタロを使います。
同じ路線で、お値段だってそれほど違いはないのですが、不思議にイタロを使うお客とトレンイタリアを使う人の層が違うのです。

荷物置きコーナーやベビーカー置き場というよりは、
その席に何かがあるようなサイズなのですが…。

すみません。予約ページが今見ていませんので、なんともお答えできません。
これらはどういう意味ですか？

ピサ中央からルッカまでは各停になりますが、
こちらはさすがに1人掛けの席は無いですよね？

各駅停車の電車も、乗り口すぐは一人がけの席があることも多いです。

スーツケースを持っての移動は大変でしょうか？
それぞれの体力次第だと思います。

また、遅延してピサ中央から予約していたルッカ行きに乗れなかった場合、
後続の列車に元のチケットのまま乗る事は可能でしょうか？

最近、チケットの検札ルールが変更になったので、あまり自由には後続の電車にそのまま乗るというのは、やめた方がいいと思います。

フレッチャビアンカだけ予約しておいて、
各停については当日、ピサ中央で買うという選択肢もアリでしょうか？

ありです。遅延で乗れないので、後続に変更願いをしてもその分時間がかかっちゃうので危険です。
私は携帯にトレニタリアのアプリを入れてあるので、例えば、ピサにもうすぐつくというあたりで、ルッカ行きの電車の時間を調べて、携帯でそのままチケットを買います。