NYからトロント経由バンクーバ、トロントで一度ホテルに泊まるには？

アメリカかの便も他の国際線と同じ所を通ってきます。カスタムを通ったところで、出口と国内線乗り継ぎ用の通路と分かれます。と言っても、国内線乗り継ぎ通路に進むと、baggageを預ける所があり、そこで荷物を預けて、外に出ることになります。もう、ボーディングパス持っていれば、そのまま 出発階へ移動し、セキュリティを通り、搭乗となります。ボーディングパスを持ってなければ、普通にチェックインカウンターでチェックインすることになります。
同じエアラインを24時間以内に利用するのであれば、通常 ボーディングパスはNYで発券してもらえると思うので、トロント空港では、国内線乗り継ぎ通路で荷物を預ければ、バンクーバー行きの搭乗までフリーになります。
以上、ターミナル1でのことですが、ターミナル3も基本は大差ないと思いますので、参考にして頂ければ、と思います。
乗り継ぎ時間を空港外で過ごす場合は、次便(バンクーバー便)の出発時間より余裕を持って空港へ行くようにしてください。

もうかなり時間が経ってしまっていますが、今後同じような経験をされる方がいらっしゃるかもしれませんので、そのときのために参考までに。。。

トロント空港では税関ではなくて、入国処理をします。 そのあとで、荷物を受け取り、
税関（と言っても、問題が無いと、機内で書く申告書を渡すだけですが) を通り、荷物を単にドロップする場所が、税関出口からすぐのところにあるので、そこに置きます。
2時間ほどまえに行くのは、国際線ではなく、「国内線ゲート」です。
搭乗券を持っているはずですので、チェックインする必要はないです。
一階上の出発レベルの国内線ゲートへ向かえばいいだけです。
その途中で、セキュリティを通る必要がありますが、搭乗券を持っていないと、乗り換えカウンターへ行く必要が有りますが、持っていれば、行かなくて大丈夫です。
もし持っていない場合にも、荷物をドロップする所に、カウンターがあり、先に、そこで処理できるので、そうしておくと便利ですよ。

少し事情が分からないのですが、最初の質問はNYCからトロント経由、バンクーバー行ですね。
後半は日本からだと思うのですがNYに入り、それからトロントへ行く場合です。
ですから、後半は最初の質問と異なるので、無視して書きますが、NYCからトロントに来られた場合、それからバンクーバーへ行く場合は

◆乗継なしの場合
・飛行機到着→入国審査→荷物受取→税関(と言ってもカードを渡すだけ)→入国
・チェックイン→保安検査→フライト 　(バンクーバーに行かれるのだと出国でもないですね）

になりますが、乗継、特に一度出国する場合はどうなるのでしょうか。
この文章も分かりません。　トロント、バンクーバーはカナダ、出国は有りません。

アメリカからカナダの空港に到着された場合、基本的に最初の降機地で入国審査です。
いずれにしろトロントで入国することになりますね。
翌朝早い出発なら、空港周辺ホテルが良いかもしれません。