ホテルのことは正直分かりません。海といえば、Boston の water front にはいくつか良さげなホテルがあります（例えば、Harbor Hotel）が、私自身は宿泊したことがありません（ロビーにはボストンの昔の地図がいくつもかけられていて歴史に関心があれば一見の価値があります）。
ボストンやケンブリッジで、昼間地下鉄に乗って、質問に挙げられている場所に訪れるは、若い女性一人であっても安全です。日本在住の姪っ子が高校一年生の夏休みに遊びに来たときには一人で色々と出歩いていました。ただボストンも広い市なので治安が悪いところはあります（例えば、ドーチェスターとか Mass and Cass のあたり。このあたりに観光で行かれることはないと思いますが）。夜も市の中心で人通りが多くて街燈のある場所だとお二人で歩かれても大丈夫です。（冬の気候は日本の青森程度です。）地下鉄も８時ぐらいまでは乗客も多いので基本的に安全です。夜遅くなるとオレンジラインなんかは酔っ払いやクスリをやっているような人が乗ってたりして警戒が必要です。また、ボストンの地下鉄網は最近工事が多くてシャトルバスが代行することがよくあるので下記の MBTA (地下鉄を運行している機関)のサイトなどをこまめにチェックしたほうがいいです。では安全で楽しいご旅行を！
https://www.mbta.com/alerts/subway?alerts_timeframe=current
追記:
New York ではメトロのパスはバスを乗るためにも必要です（バスは釣り銭を出しません）。ボストンでも Charlie Card を使われたほうが毎回切符を購入するよりも便利だと思います。お二人で一枚でも可能です。カードに加える（？）金額 は任意に選べます。駅には赤い制服を着た係員が切符販売機の近くにいるので片言の英語でも頼めば手伝ってくれると思います。ボストンの地下鉄やバスは距離に関わらず一回の乗車の金額は同じです。タッチ決済機能付きのスマホは必需品ではありません。ほとんどの店でクレジットカードが使えます。（ご存知だと思いますが）スマホは Google Maps を使ったり、店や博物館の情報を得るために必需品です。（余談「余計」ですが、日本は受験対策として英語はまだまだ必要ですが、最近は携帯の翻訳機能もあるしAIも進歩してきているので、ビジネスや旅行のためなら、苦労して時間もかけて苦手な英語を勉強するよりも将来他にもっと役に立つ重要なことはあると思います。）良いご旅行を！
ホテルに関しては、Google map で Boston Newbury St. Hotel で ググってみてください。 Boston は、半島になっているので、ちょっと歩けば、どこでも海が見られますし、Charles riverもあります。但し、冬に来られるなら、北海道と緯度が同じなので、とても寒いです。Newbury stは、NYの５番街とまでは、行きませんが、それの10分の１くらいだと思っていただけたらと。その近くにT(地下鉄）の駅が何ヶ所かあるので、どこにいくのも、ショップも、レストランもたくさんありますし便利ですし、安全な区域です。
