naomiさんはじめまして！
以下簡単にですがご質問の内容に回答させていただきます。

1)市内からキリングフィールドまでは多少距離があります(片道30分ほど)ので、
タクシー(片道10$前後)でのご移動をお勧めします。
キリングフィールドから市内に戻ってきて、体力・精神力的に元気であれば博物館まではトゥクトゥクでの移動で問題ないと思います。

2)ボートツアーは、王宮近くから出航しているKanika Boartクルーズ(乗船代7$)がお勧めです。サンセットクルーズやディナークルーズなどございますのでkanika boatのウェブサイトをご覧ください。

3)インターナショナルスクールで大きいところはCIA, North Bridgeなどありますが、
正直あまり詳しくないので他の方の回答をご参考になさってください。

以上回答になります。参考になりましたら幸いです。

個人的に欲しいのは
- 日本語書籍が置いてある本屋兼カフェ
- 日本の第2,3類医薬品が買える薬局
- ファストファッションブランド(ZARA、ユニクロ)
- ドンキホーテ

アテンドなどのときにあったらいいな
- 無料案内所@リバーサイド
- 日本レンタカーまたはTimes24(カーシェアリング)
- エステ/ネイル/ヘアサロン、カフェ、占い、お土産屋を併設した建物

ローカルの方々と触れ合う方法 in プノンペン

・日本語学校、孤児院、女性の職業支援、現地で医療支援をしている団体を訪問する
・カンボジアでボランティアをしている団体(学生が多い)のツアーに参加する
・現地で事業をしている日系企業を訪問する
・公道でエアロビクスをやってる人たちがあちこちにいますので、そこに飛び込みで参加する
・日本語が話せていずれかの企業に属しているカンボジア人を紹介してもらって、あちこち連れ回してもらう。

などでしょうか。

すでにmeguさん方はご旅行終えられたかと思いますが、
今後の方にログを残すためにご回答致します。

女性だけでのカンボジア来訪かつ通訳ガイドなしでの旅行でも、
無事楽しく旅行を終えられる方もいますが、
まったく危険がないとは言い切れません。

知らない人について行かない、
夜遅くまで酒を飲みまくらない、
高級な物を身につけない、
カバンを無防備な状態に晒さない、
(カンボジア来訪3日目にして、知人はiPhoneをひったくられました。)
艶っぽい格好をして歩かない

まあせっかく旅行に出かけるのにハメを外せないのは辛いかと思いますが、
現地のガイドなどをつけずに自分たちだけで行動されるのならば、
多少の我慢は必要かと思います。

とくに、日本人女性はナンパに引っかかりやすい、
というのをカンボジア人から直接聞いています。

日本語ができるカンボジア人が無料で道案内してくれて、
非常に親切で安全な人だと勘違いして、食事に誘われて家について行ったり、
夜間に人の少ない路地に連れ込まれたりというのも、
決して少なくないようです。

まずは、優しい人≠安全な人 という気持ちを持っておいたほうがいいと思います。

次に、ホテルを安宿で済ませると犯罪に遭う危険性が高くなります。
セキュリティがいない、またはセキュリティが夜間に仕事そっちのけで酒を飲んでる。
(一緒に酒を飲んだこともあります笑)

ホテルの受付が強盗と共犯して金品を強奪する。
などの事件に関する情報も入ってきているのは事実です。

私もカンボジアに来て2週間も経たないころ、
ホテルの部屋に知らない男が怒鳴りながら乱入してきたことがあります。

ですので宿泊施設にはしっかりお金をかけて、
ホテルに現地での交通手段(タクシーやトゥクトゥク)を手配してもらえば安心かと思います。
お金をかけると言っても、一人50$/泊前後で、
トリップアドバイザーやエクスペディアの評価を参考にされると良いかと思います。

上記のことを心がけていれば、通訳ガイドがなくても、
行きたいところに行って、食べたいものを食べて、
買いたいお土産を買って、エステで綺麗になって、
カンボジアのことを好きになって無事に帰ってもらえると思います。

カンボジアは物価が安いイメージが強いのですが、
生活コストは他の東南アジア諸国と比較してもさほど安くはありません。
物価水準を他国と比較するときには以下のサイトを利用してます。
http://www.numbeo.com/cost-of-living/

とはいえ首都プノンペンのローカルなお店では焼き飯や焼きそばが1～1.5USDで食べられますので、現地の人が集っているお店を探せば安いお店が見つかると思います。

メニューに写真がないのはよく見かけますが、値段がないのはまだカンボジアでは見たことがないですね。
ベトナムのハノイにいたころは、ローカルのお店には基本的に料金が書かれてなかったような気がします。

私もスタッフの懐事情と現在の給料が適正かどうか知りたくて家計簿をつけてもらったことがあります。
スタッフAくん(独身)の1ヶ月の支出は
家賃 15$(友人3人とシェア)
食費 朝1$、昼1$、夜2$ ×30日=120$
通話通信料 5$
スマホは中古のiPhone4 100$を4ヶ月分割払い
バイクは中古 600$を12ヶ月分割払い
友人と遊ぶ 20$
計235$
でした。
他のスタッフはバイクやスマホを親に買ってもらっていたり、子どもを実家に預けていたり、住み込みで働いて家賃を浮かせたりしていますが、ひもじい生活を送っているという雰囲気は感じられません。