他のロコも回答されるかと思いますが、
１．路駐パーキングよりは、立体及びValetパーキング
２．注意をするに越したことはありませんので、トランク等目に見えないところに保管するなどして対策は取っておかれた方がよろしいかと思います。
３．客観的な事実として、ロサンゼルスにしばらく住んでおりますが、車上荒らしにあったことはありません。

ご参考になれば幸いです。

ダウンタウン周辺を抜ける時は渋滞するとすごく時間がかかります。早朝といっても、ロスの早朝はすごく早いです。平日であれば4時5時ぐらいから混んでいます。時間に関係なく空いていれば、ダウンタウンからロングビーチまで40分です。当方もダウンタウンですが、DTLAからLB行きは比較的空いていると思います。

三日間なので、十分すぎると思います！楽しんでくださいね。

サルベーションマウンテンは、本当に砂漠のど真ん中にポツンとある感じでした。車がないと行くことは難しいです。ダウンタウンから車で片道３時間程度かかります。高速も渋滞する可能性もあるので、長時間の運転に慣れていないと疲れると思います。
なお、ユニバーサル、グリフィス、サンタモニカは、Uber等で移動できなくもないですが、車があるとすごく便利です。

ホテルはピンキリですが、日本語が通じるところがよろしければトーランス周辺にある日系ホテルが安全でいいと思います。ただし、このあたりは車がないと厳しいです。一方で、ダウンタウンやサンタモニカにもありますが、コストは高くなります。ホテルにこだわりがなければ、部屋貸しも紹介いたします。

日程にもよりますが、以下のお店でいかがでしょうか。少し時間が短いので、ベニスビーチあたりがいいかと思います。ダウンタウンやパサディナは渋滞のリスクがあるので難しいかと思います。
[Breakfast]
ベニスビーチ
Gjelina
https://www.yelp.com/biz/gjelina-venice-2
Gjusta
https://www.yelp.com/biz/gjusta-los-angeles-3

少し離れています。
Sqirl
https://www.yelp.com/biz/sqirl-los-angeles-4

Trois Fmilia
https://www.yelp.com/biz/trois-familia-los-angeles

Cofax
https://www.yelp.com/biz/cofax-coffee-shop-los-angeles

アテンドは難しいですが、一言アドバイスだけです。
なぜかアメリカで新規にレンタカーの契約をしようとすると自動車保険代が異常に高いので、日本で事前に保険代も含めたレンタカーを予約しておいた方がよろしいかと思います。

私的な意見ですが、LA-SF-PL間は飛行機がいいかと思います。お一人で運転されるということで、長距離に慣れているのであれば問題ないと思いますが、都市間の移動による疲れを考えると中距離は飛行機がオススメです。なお、LA,SF,PLのそれぞれの空港でレンタカーされるといいかと思います。また、レンタカーを予約する場合は、日本で予約して行った方が望ましいです、現地だと保険代を過大に請求されることがよくあります。
旅程にもよりますがお手伝いできることがあればいたします。
お気を付けて！

お車で行くことをお勧めいたします。
公共交通機関だと、googleの経路検索では３時間半から４時間かかるとなっています。
車だと渋滞がなければ１時間です。
スケジュール等決まっているかと思いますが、ご都合があいましたら、当方の車を手配いたします。前後にご予定もおありかと思いますので、ご参考までにUBER poolだと80ドル程度でした。