こんにちは！aomeさん
土・日はユックリ休日と決めていますので困難ですが、2日夜なら時間を取る事が可能です。とは言うものの金曜の夜は場所によっては大渋滞、お店も予約必須etcですので、どちらにご宿泊されるのか？によって時間調整が必要です。多分、ビザについて、衣食住の環境・費用 etc とは思いますが質問を前以て教授頂ければお教えする事も出来ます～。。

多分？！楽しい旅の思いでつくりで安心なのはバンコクから1泊2日でチャーターするのが良いのではと。と思います。
とは言っても旅での深い思い出つくりにはドキドキハラハラも！と思われるのであれば！と言う事で。。。
少し古い情報になろうかと思いますが参考までに！
バンコクからパクチョンまでは鉄道もしくはロットゥー（ミニバン）ですね。
● 鉄道の場合
①BTSフアランポーン駅から国鉄フアランポーン駅に行く。
②スリン行きの列車に乗る（3時間ーアユタヤ経由で遅れるリスク＋30分）
● ロットゥー
①BTSモーチット駅からバイタクで北バスターミナルもしくはBTSアヌサワリー（戦勝記念塔）駅に行く。
②パクチョン行きのバスに乗る（3時間程度ー渋滞etcにより前後±30分）
鉄道は1等、2等、3等によって値段が変わりますが200円位、ロットゥーは600円位でやや割高と言う事になりますが鉄道より数は多いので時間的な
制約は少ないと思います。
チャーターした場合は1泊2日日本語ガイド15,000THB+宿代1,500THB位
が安心出来る日系

余裕のある方はバンコクからチャーターか、ツアーをおすすめします(^-^;
ロットゥー（ミニバン）に乗りました。
アヌサワリー（戦勝記念塔）行きとモチット２（バンコク北･東北バスターミナル）行き
が交互に出発しているようでした。
料金は片道１８０バーツ（２０１５年１月）でした。

ご質問に回答する前に！！！
帰国日が何曜日か？を考慮される事も重要かと思いますよ～。
空港に13時到必着ですから出発は正午前になります。エアポートリンクでも小1時間、TAXIだと1時間前後は都心より掛かりますので（余裕を持って！）平日、週末では時間差が生じます。また大きな商業施設の周辺では週末に思わぬ渋滞でヤキモキする事も有ります。
私はスクンビットの住民なので、お土産etcの買い物はエンポリアム（プロンポン駅直結）で！と考えるとプロンポン駅周辺でHilton、Holidy Inn が無難だと思います。もしくはターミナル21（アソーク駅直結）の階上に有るGRANDE CENTRE POINT も便利です。まだ雨季の最中ですので駅から徒歩5分以上は避けられた方が良いかと思います。
上記商業モールは開店時間にご注意下さい。

質問がちょっと分りづらいのですが当日AM11:00～8時間を掛けてバンコク市内、アユタヤ遺跡を見学したい。と言うことでしょうか？だとすれば残念ながら困難！と言わざるを得ません。バンコクとアユタヤは約75Km離れていてバンコクの交通状態を考慮すると往復3時間程度の移動時間を必要とします。
お勧めとしては、1日目は午前半日7:30～12:00 - バンコク市内観光（エメラルド寺院、涅槃仏、暁の寺院）と午後にマッサージ、サイアム・MBK（雑貨巡り）
2日目にアユタヤ遺跡、象乗りしてクルーズ船で川下りを一日掛けて7：20～17：30が良いと思います。下記のURLを参照してください。大凡の金額も合わせて確認下さい。
http://www.pandabus.com/bkk/
欲張れば、午前半日7:30～12:00 バンコク市内観光、午後半日13:30～20：00 アユタヤ観光も可能性が有りますが、いずれにせよAM11:00からとなると・・・・・厳しいと思います。
ご自分でレンタカーを借りて！だとバンコク市内寺院巡りに駐車場探しだけで1時間は無駄になるでしょうし、土地勘が相当無いと効率良く動くのは困難でしょう。
バンコクの渋滞は午後から特に酷くなり移動時間が読み辛くツアーも殆んどが朝出発なんですよ（汗）