こんにちは。
鉄道を使った旅、１２月なら雪景色の幻想世界を眺めながら長距離移動きっと素敵な時間になると思います。
鉄道経路の計画は旅の醍醐味の一つですが、なにを考慮に入れるかで自分に適した旅も変わってきます。とにかく節約の貧乏旅行にしたいのか、せっかくの旅行なので多少のお金を払ってでも極力のストレスを省いて快適にしたいのか。

さて質問ですが、
＞空いている席に座り、指定券を持っている人が来たら、席を移動するかたちになるのでしようか？
このご思案の通りです。ICEに関しては自由席車両はもうけられておらず、席を予約しない限りそのような場面は多々起こりえます。予約料金は4.5€なので、あえて安い電車に乗らずせっかくICEに乗るのなら、立ちっぱなしのリスクは私なら避けます。

＞デュッセルドルフ→フランクフルト、、フランクフルト→ヴュルツブルグ、、ヴュルツブルグ→ニュルンベルグ等々に利用
ドイツ国内のみのご旅行をお考えですか？お節介ながら調べました。
今から個々に予約した場合：
Düssel-Frankfurt 29€
Frankfurt-Würzburg 19-27€
Würzburg-Nürnberg19€
計67€

German Rail Passは二等席の3、4日用を正規の販売で200€、10日間で345€という値段です。このパスの利点は、一日に何都市も移動する、ヨーロッパ28カ国を縦横断するのにとても便利なことです。
もしも多少の手間を惜しまず節約を考えるのであれば、この三経路に限って一日一経路の移動であれば、私なら普通に買ってしまいます。
latteeご旅行される期間や予算がわからないのでご参考までにいかがでしょうか。

初めまして。クリスマスマーケット、いいですね。寒い夜にちょろっと寄って飲むホットワインで心も身体も温まります。
マーケットは通常クリスマスの4週間前の日曜日から始まります。正確に把握していませんが今年は１１月の２９日でしょうか。１１月来られるにしても、もし１１月中に帰ってしまわれては、あまり楽しめないのでご注意下さい。

さてご質問ですが、
＞ニュースなどで難民問題等取り上げられていますが、現状大丈夫でしょうか？
クリスマスマーケット開催への影響でしょうか？治安の善し悪しでしょうか？入国審査や交通網への影響でしょうか？
失礼ですが、アバウトな質問なのでお答えし難いです。が、もちろん政治的現状についてはEU諸国を巻き込んで大変なことになっていますね。ミュンヘンでは難民の方達で溢れているようです。私がいるハンブルでも多くの難民の方への受け入れを行っており町中でよく見かけるようになりましたが、個人の生活に変化が起こるような状況にはありません。