ponta_kun　さま

ご回答いたします。
当方、台湾在住8年となります。

ご認識の通りでございます。
一度、入国する必要がございますので、イミグレーションを通過し
荷物をピックアップの後、hotelへ移動する形となります。

出国も同様で、通常通りチェックインをする形となります。

日本で空港check inする際に、一度台湾へ入国する旨を伝えた方が良いかもしれません。

参考になれば幸いです。