私は家が決まるまでの数週間セントラルに滞在していましたが、怖いとは思った事はありませんでした。
セントラルの中でも場所によります。
他の駅に比べるとホームレスの方が多いので深夜は騒いでる声がする事もありましたが、夜22時以降ウロウロ歩いたりしない限りは(外食してホテルにさっと戻るなどであれば)大丈夫だと思います。

私はtatteが大好きです。

ボストンのどこ？スタートかに寄ります。

もしパークストリート辺りなら、私なら何度も乗り換えるのは面倒なので、 redline でブレインツリーまで行き、Uber を使うかもしれません。
それでトータル1時間半ほどでしょうか。

そのブランド私も聞いたことがないのですが、ショップのサイトを見てると、Sephora で取り扱っているみたいです。Sephoraならボストンの色々なところにあるので、お店で聞いてみたら教えてくれるかもしれません。

ボストンに今ある日本食スーパーは、えびす屋だけです。Reliable market や、hmartで日本の物は買えます。

お刺身だけを買いたいというのであれば、まぐろ、サーモン、ハマチはnewdealfishmarket やBoston public market の魚屋さんで購入できます。刺身の種類が豊富なのは、Newton にあるSakanaka です。

観光であれば、やはりMITやHarvardといった有名大学と、boston public garden 、boston museumやシンフォニーなど芸術系でしょうか。
あと、ボストンライブラリーは古い建物と新しい建物が並んでいてとても素敵です。女性ならcopleyやニューベリーストリートを歩くのも楽しいのではないでしょうか。

私はボストンでホテルに滞在した事がない為、あまり詳しくはありませんが、私の住んでいるあたりのkendallは大学と企業が集まるビジネス街で、夜はとても静かでおしゃれなレストランなどもあります。この辺りだと、Marriott が駅前にあります。あと、Charles river沿いのsonestaは景色が良さそうです。boston側だと、taj hotelは高級感がありいつか泊まってみたいホテルです。
Booking comで値段は出てくると思いますが、避けたいのは、Cambridge市側だとcentral駅付近、boston側だとchina town付近です。

私たちはuberかシルバーラインを利用しますが、調べてみると空港からバックベイ行きのバスが出ているようです。最寄りのバス停からシェラトンまで５分ぐらいですので、これが一番いいのではないでしょうか。また学校に関しましては、うちは企業勤めなので詳細はわかりませんが、6月頭にMITビジネススクールが始まり、日本からも20名ぐらい来られています。共同研究で来られている方もたくさんおられ、夏休み関係なく学校に行かれているので、それなりに学校の主要機関は開いているのではないでしょうか。ハーバードやBUに関しては、知り合いがいないのでわからないのですが。