もしもうご回答得られていたら重複になるかもしれませんが知っている情報を書きます。

羅湖のイミグレーションは閉鎖しています。鉄道のすべてのイミグレーションが閉鎖なので、香港から深センへの入境は深セン湾大橋を渡って蛇口か、マカオ珠海大橋を渡って珠海から入る方法が現実的だと思われます。いずれもバスかタクシーでの移動です。
コロナウイルスが落ち着くまで再開の目処は立っていないそうです。
ウイルスのピークは5-6月、7月に収束すると言う意見が専門家の大多数なのでそれまではこの状況が続くと思われます。

深センの交通は詳しい情報を得られていないのですが、鉄道地下鉄に関しては今のところ動いていない路線もあると聞いています。

御参考になればと思います。

こんにちは！
香港在住のアキです！
ご質問を拝見いたしましたので、簡単ながら回答させていただきます。

仰います通り、MTRで九龍まで向かい、そこからタクシーが簡単かつわかりやすいとは思います。
または、空港のバスターミナルからA21番のバスに乗りますと女人街のありますモンコックまで乗り換えなしの一本でいけちゃいます！
料金もこちらの方がお安いです。おそらく30ドル前後です。
所要時間は50分ほどだったと記憶しています。
ご参考にされてください。