ツインタワーは外観を観るだけでしたら観光可能です。

クレジットカードのみで滞在することもやり方次第ですが可能です。

台数は少ないですが運行はしています。

ホテルは好みがあるのでホームページなどで探して決めると良いと思います。５つ星ホテルが安いのがマレーシアの特徴なので質問に記載のホテルから選べばいいと思います。

ホテルのフロントで聞けば教えてくれると思いますが、アイランドホッピングなどお勧めです。

シュノーケリングは、「ランカウイ　シュノーケリング」でインターネット検索すれば日本語のツアーもあるので、それぞれの主催会社に聞かれると良いと思います。

LCCの場合、クアラルンプール空港での乗り継ぎ時間を３時間ぐらいあれば
乗継ぎ可能でしょうか？

マレーシア航空からエアアジアへの乗り継ぎは空港の移動が必要です。
KLIA→KLIA2、無料シャトルバスが定期的に運航していますので移動に利用すればいいと思います。
3時間あればは、8月の混雑状況が読めないので回答できません。

また、
①往路　東京／クアラルンプール／ランカウエイ
　でマレーシアに入国する際には、クアラルンプール空港でいったん荷物を受け取り、入国検査を受けてから
　再度、ランカウエイ便に搭乗する流れでしょうか？

上記で説明したとおり空港が異なるので荷物を受け取り、空港を移動しなければなりません。

②復路　ランカウエイ／クアラルンプール／東京
　でマレーシアを出国する場合、出国検査は、どこで受けることになりますでしょうか？
　ランカウエイでしょうか？クアラルンプールでしょうか？

帰路は8月の搭乗状況が判らないので詳しく回答できませんが、現時点ですが、荷物を受け取り空港移動をして国際線に搭乗する場合クアラルンプールで出国審査があります。12月時点で航空会社は3時間前に空港に来て搭乗手続きをしてほしいと言っています。

理由は搭乗者の行先の国に入国できるワクチン接種証明書やワクチン未接種者の搭乗客に出発72時間前の陰性証明書や、日本入国時のビジットウエーブジャパンの登録画面を確認されます。
これから8月までに日本に入国するための条件が変更になれば条件に合わせた書類やスマホへの登録が必要になりだいぶ先なので詳しく説明せきません。

KLIA空港には何件かホテルがあります。

私は宿泊したことがないですがサマサマホテルは良かったと言ってました。
あとムーベンピックも他の友人が良いと言っていました。

詳しいか判りませんが、どのような内容なのかなど基本的なことは把握しています。

マレーシアで有名な紅茶はBOH　TEAです。珈琲はホワイト珈琲が有名ですが、紅茶も珈琲も高級ではなく日常に飲むものです。街中のスーパーなどで購入可能です。

高級なものは輸入品でしたら値段は高いです。パビリオンブキビンタンの地下1階に紅茶やコーヒーの専門店があるり購入できます。

④治安がいいとはいえ、やはり日本のように子供だけで出歩く、スクールへ登校する事は異文化なのでしょうか？
誘拐される可能性があるので、多くの家庭は子供だけで登園することはありません。
日本人学校も目の前にあるコンド徒歩100ｍくらいの距離を通学バスです。

一般的な回答になりますが、質問に回答します。
私はコンド内覧を有料で請け負っています。

①数年以内に移住を考えているのですが、子連れでも住みやすい場所でしょうか？

子連れで済みやすいエリアもあると思いますが、学校の近辺に住んでいる方が多いと思います。

②KL中心部と比べて、治安や環境、インターへの通いやすさ、等なんでもいいので特記する事は何でしょうか？

当然ですが治安はエリアにより異なります。一般的にマレーシア人に聞くと電車の駅近辺は危険と言っているマレーシア人の友人が多いです。日本人は駅近辺に住みたがるのでの感覚とは異なる感じです。

③サービスアパートメント、コンドミニアム、等居住環境についてアドバイスあれば教えてください。

日差しが強い国なので北向きと南向きが日差しが当たりにくく人気です。
住環境は同じコンドであっても、家具や内装が大家次第なので必ずしも満足とはならないと思います。

④数年以内に新しい路線ができる予定だと思いますが、それを踏まえての居住エリア一押しを教えてください。

新しい線ができても駅前に何のお店もない駅もあり何とも言えません。

⑤渋滞すると聞きますが、車の必要性はあまりないでしょうか？子供がいるので荷物や寝てしまった際の動きやすさから、車は必須と考えていますがどうでしょうか？

車があった方が便利です。但し、交通事故が多い国なので、交通事故が起きた場合に自分で相手と示談交渉できる英語力、警察に行ってポリスレポートを作成する際に事故の状況を警察官に説明できる程度の英語力が必須です。

現在、マレーシアへの入国はアプリなど必要ありません。

但し、マレーシアから日本に出国する場合は日本の入国ルールが適用されますのでワクチン接種回数か陰性証明が必要になりますのでご注意ください。