中央駅はとても治安が悪いので、できたら避けた方がいいかと思います。可能であれば市街地がおすすめです。特にシュタイゲンベルガーホテル、インターコンチネンタルホテル、マリオットなどは比較的安心して宿泊できるところです。駅近くのホテルは騒々しいばかりか、湯船もポットもないので注意が必要です。以前ホテルで働いていたことがあるので、ホテル情報など少し詳しいです。もし必要ならいつでもご連絡下さい。
フランクフルトのクリスマスマーケットは現地の人はあまり行きません。旅行者ばかりで料金がとても高く、非常に治安が悪いので是非お気を付けくださいませ。ケルンも同様です。近隣でしたらマンハイムやボン、デュッセルドルフなどがおすすめです。
個人でのライン川クルーズは勿論可能です。運航日程とルートによっては直接乗り場に行って乗船も可能です。お手伝いが必要ならお知らせくださいね。

ドイツ鉄道のチケットの料金は乗る時間帯や購入のタイミングによってかなり違ってきます。早いタイミングでの購入や早い時間帯や遅い時間、不便な時間帯のチケットは比較的安く、直前の購入、通勤時間帯、帰宅時間帯は料金が高くなる傾向があります。また、早割チケットは安い分フレキシブルでなく、変更やキャンセルが出来ないものがほとんどです。
以上の事を鑑みると、鉄道パスの方が融通が利き比較的使いやすいかと思います。料金にこだわりなら個別で事前に買ったほうが得ですが、慣れないと購入が複雑で難しいので個人的には鉄道パスを購入して好きな時間帯のものを好きなだけのれる方が使いやすいかと思います。
鉄道パスにはクルーズ料金は含まれていませんので個別に手配の必要が発生します。
ドイツにも乗り換え案内のようなサイトがあります。Deusche Bahnでググるとドイツ鉄道のサイトが出てきます。そこに出発地、目的地、希望の日時を入力すると乗車電車の候補が出てきます。日本乗り換え案内使った経験があればそのサイトも簡単です。ただしドイツ語か英語表記対応となります。
鉄道を利用する場合、そのサイトを利用しながら旅をするといいかと思います。乗車ホーム、到着ホームなど全ての情報をそこから得る事ができます。しかしドイツ鉄道は頻繁に遅れますので、直前になってプラットホームの変更もよくあります。サイトを利用しつつ、駅では実際の電光掲示板を気をつけて見ていれば難しくはないかと思います。
その他ご不明点や相談したい事などありましたらいつでもご連絡下さい。

ドイツで何をしたいかにもよるかと思います。
メジャーなところをとりあえず抑えたいのか、ローカルなところを尋ねてみたいのか等々。
ハイデルベルク城は素晴らしいところです。日本からの両親や友人が来てくれた時には必ず連れていきました。みんな大絶賛してくれたのでおススメの一つかといえるかと思います。可能であれば1日時間をとって町を散歩してハイデルベルグ城にも上ってみてください。絶景が待っています。
ライン川クルーズはどのエリアを乗るかにも大きく変わってきます。私はケルン～ボンまでの数時間に乗船しましたが現地の窓口で乗船直前に直接購入しました。日本人に人気のコブレンツあたりなら事前に確認が必要です。まずはどのあたりを乗船するかからお決めになられたほうがいいかもしれません。日本では旅行会社で予約をすると手数料を取られるので非常に高くつきます。英語ができるのであればＨＰから直接購入が一番ベストです。
ご参考になれば幸いです。

ドイツ鉄道には乗換案内のウェブサイトがあります。
まずこちらでどのルートを辿るか確認された方がいいかと思います。

https://www.bahn.de/i/view/USA/en/index.shtml

切符は自販機でも購入できますが慣れないと難しいので、Reisezentrumというみどりの窓口で購入してはいかがでしょうあ。希望のルートをプリントアウトして、これが欲しい！といえば発券してくれます。その際往復であることも伝えると帰りの切符も用意してくれます。が、ドイツ鉄道は頻繁に遅延が発生するので注意が必要です。乗換は少なくとも30分以上はとっておいたほうが安全です。私なら、早割り切符をインターネットで購入します。ドイツ鉄道のサイトから購入できます。乗車の際は決済したクレジットカードの携帯が必要です。

一日乗車券がいいのかどうかは一概には言えません。ドイツ滞在中に数日以上頻繁にドイツ鉄道に乗るのであれば、ジャーマンレイルパスがお勧めです。

以上参考になれば幸いです。

ご連絡ありがとうございます。
今回の件は世界中を騒がす一大事件となっているのは間違いありません。日本でも大きく報道されているのでしょう。
現地ドイツでは昨日はニュース専門チャンネルでは終日特別報道番組でＥＵ離脱を大きく報じていました。（他のチャンネルは通常通りでした）
特に動揺しているのはドイツ政府だと思います。現地報道によれば、ドイツ政府はイギリスのＥＵ離脱はありえないとやや楽観視していたところがあったようです。ところがＥＵを支える三本柱の一つが離脱という結果となり政府の予想を大きく裏切る結果となってしまった為、ドイツ政府にも激震が走りメルケル首相も対応に追われています。今はまるでドイツの政治がストップしてしまったかのようです。
イギリスの国民投票の前には、ドイツで行われてたあるテレビ局の国民世論の調査によると、イギリスはＥＵに留まるべきと答えたのは約30％、離脱すべき、離脱もやむを得ないと答えたのは約60％に上るという結果もありました。ドイツ国民は比較的冷めており、イギリスなんかいなくても大丈夫、という考えもあったのかもしれません。
個人的にはこのドイツ国民の世論調査には非常に驚きました。イギリスはＥＵの中でも財政・経済においてフランスに匹敵するぐらい貢献しており、ドイツもその実績を当然認めていると思ったからです。しかしその反面、イギリスはＥＵであっても通貨がユーロではなくポンドであったり、シェンゲンに加盟してないのでイギリスに行くにはパスポートが必要であったりするので、私の感覚ではイギリスはＥＵ加盟国という認識も正直あまりなかったのが実情です。
今日のドイツのニュースではイギリスのプレミアリーグでプレーするドイツ選手たちも今後労働ビザを要することになり、「外国人枠」になってしまうので色々な支障がでるだろう、と報じられていました。流石サッカー王国ドイツならではの視線ですね。笑
確かにＥＵではなくなったので、労働や経済などで様々な支障が出るのは確かです。しかしそれがどのように、どのぐらい影響があるのかはまだわかりません。ドイツは他の国に依存している国ではないので、イギリスの離脱で直接的なダメージを受けるというのは少ないかもしれません。これはあくまで個人的な見解ですが。しかし、政府が恐れているのはイギリスの離脱で他の国にも離脱の波が及び、ＥＵという組織が弱体化することです。東欧などの貧しい国はＥＵに加盟し、かなりの恩恵を受けているのでＥＵなしには生き残っていけない状況ですが、シリアからの大量の難民流入問題でＥＵにかなりの不信感を抱いています。その国々が今後どのような反応をするかもドイツ政府は注視せざるを得ず、私たちも通常生活にどのような影響が出てくるのか静観する必要があります。

以上、現地の状況と私の目線をご紹介させていただきました。ご参考になれば幸いです。