鉄道の場合
オランダの鉄道NSの国際線アプリでみてみました。
Amsterdamからベルリン行きに乗ってOsnabruckで乗り換えてハンブルグです。
私も経験ありますが、ドイツ鉄道は遅延常習。その上運行予定電車が突然キャンセルもあります。
遅延で乗り継ぎ電車に間に合わないと言う事も頻繁あります。
時間に余裕があるのであれば電車移動が安くて(Amsterdamからハンブルクまで安いチケットは€40ぐらいであります)良いかもです。
ドイツ鉄道についての問題はドイツ在住の方に聞くのが1番かと思います。

マウリッツハイスは美術館のサイトでどの作品がどの部屋に飾られているか確認できます(日本語あり)。
国立博物館も同じようなサイトがあったと思います(英語)が、今現在国立博物館のサイトがダウンしていて確認できません。
ちなみに9月末から1月初めまで国立博物館でボイマス展が開かれます。
ブリューゲルスのバベルの塔(小バベル)やピカソ、草間弥生の作品が展示される予定です。

ご案内は可能です。

それとは別に
万が一、アンネフランクハウス、ゴッホ美術館の訪問を考えているのでしたら2ヶ月前の予約開始日には予約された方が良いかと思います。
クリスマス休暇中はアムステルダム市内、大変混雑します。遊覧船なども予約がないと乗れない時間帯が出てくるとおもわれます。
特にベルギーからの日帰り？でゴッホとアンネに行かれるのであれば予約必須です。(予約後のキャンセル不可)

12日の午前中のみ勤務先のチーズ店の仕事がありますが、それ以外は可能です。

https://www.public-transport-holland.com/product/holland-travel-ticket-off-peak/
と言う電車、バス、トラム乗り放題チケットがあります。
が、アムステルダムーザーンセスカンスーウトレヒトーデハールーアムステルダムで元が取れるかどうか…。
サイトで調べて比較してみてください。

4月のチューリップ畑のようなところは6月はないです。
アムステルダムからだとすごく遠いですがVenloの近くにKasteeltuinen Arcenと言うお城の庭があります。ここは6月なら薔薇や紫陽花が綺麗だと思います。

4月初めもしくは5月初めに旅行会社が大量に押さえていたチケットが一般に出回る可能性があります。
そこを狙うしかないです。
3月は3月6日に再販がありましたが国立博物館のwebサイトがクラッシュして2日間ぐらい動きませんでした。
もうこの二回のチャンスを生かしてください。
成功を祈ります。

Nijntje museum は子供向けなので子供さん連れなら１時間ぐらい。館内に子供が多い場合大人1人だと場違い的に感じる人もいます。そう思う人は30分以内で見てしまうかもです。
Utrecht centraal museum はデックブルーナさんの書斎の再現コーナーをじっくり、あとをサッと見るなら45分〜1時間。
全てじっくり見るなら1時間30〜2時間ですね。
いつ行かれるかによって開かれる企画展なも変わってきますのでそちらもお調べください

かなり長い間窓口を使った事ないのですが過去の経験上
1)可能です
2)可能です
3)そのようですね。
24時間券しか使った事がなかったのでご質問されてサイト見ましたがトラムの有効時間は24時間と書いてありますね。これもアムステルダム市のツーリスト追い出し政策の一環かも知れませんね。

ロッテルダムに行かれる場合、
オランダの通勤ラッシュ時(平日6時〜9時及び16〜18時30分)除いて電車を使いロッテルダム、デンハーグなどでトラムやバスなども使う、そしてその金額が44ユーロを超えるので有れば
Hollond tlavel pas off peakを使う事もできます。
このチケットはどの駅からの乗車、後者も可能です

今、NSサイトを見るとZaandam〜Rotterdam centraal の運賃は€17.30
Amsterdam centraal ~Rotterdam centraal €15.50
なので不必要でしょうか？
またご存知かも知れませんがAmsterdam-Rotterdam 間のインターシティには一部別途料金がかかる物があります。交通系ICカードを持っていない場合、事前にこの特別料金を窓口および券売機で払う必要があります。使わないのであれば乗車時に充分注意してください。

オランダは学生に限らずどこの都市も住宅が足りません。
予算に合う部屋を短期間で探すのは至難の業です。
学生によっては半年前から住居を探している場合もあります。

また留学生の中には予算内の部屋が見つかるまでしばらくキャンプ場で過ごす学生もいます。
とにかくSNSを使うなどして情報収集をする、電車で通える都市も候補地にするなど選択肢を広げないとちょっとやそっとでは難しいのが現状です。

中には自分が借りている部屋を又貸ししている人(日本人も含む)もいます。そこからトラブルも発生したりもあるようです。

お嬢様のお部屋が早く見つかり、意義のある学生生活ができますようにお祈りいたします。

アムステルダムに日本人女性の方でヘナタトゥーをやってらっしゃる方がいらっしゃいます。
値段はわからないのでWebサイトをご自身で確認して見てください。
Rie Body Design で　検索して見てください。
確かInstagramやTwitterもやっているはずです。