私、現在日本に一時帰国中ですので現地で直接ヘルプ出来ないことが残念ですが、ご質問には日本からでも答えられますので下記に記します。
1.についてはクスコでの手配で大丈夫です。勿論リマでやっておくことに越したことはありませんが、クスコは3400メートルありますので高山病になる可能性もあり、日程が狂うこともありますので100%ではありませが、私ならクスコにて手配するでしょう。又、インカトレイルでもマチュピチュの入場券の事前購入は必要ですので、それもクスコで間に合うと考えますと申し上げますが、心配でしたら今からネットで予約することも出来ます。
2.のご質問には「なるべく高いホテル、地域」に泊まることですが、ご予算もあるでしょうから一概には言えません。私はミラフローレスで探すことをお勧めします。日本での私の携帯の番号を下記に記しますので、もし必要ならばご連絡下さっても結構です。
3.についてはあり過ぎて書くのが難しいですが、まず第一は空港から出たところの通り(フォーセット)において頻繁にバイクを使った強盗が出没しておりますので、多少高くとも(ミラフローレスまで$15~$20)空港ビル内のタクシー案内所でのタクシーを利用されることをお勧めします(私は利用しませんが) クスコは半数の旅行者が高山病になるようなので、健康状態を良くして行かれるのが第一です。出るとしたら当日ですので、クスコの1日目は楽な予定にしておくことです。ホテルはアルマス広場に近い所を選んだほうが何かと便利です。ネットで予約しても良いですが、クスコの空港ビル内のホテル紹介所で聞かれても良いと思います。インカトレイルはガイドがつきますのでマチュピチュは問題無いと思います。マチュピチュはクスコより標高は低いので高山病は問題ありません、むしろチチカカ湖の方が約4000メートルありますので心配でしたら医療用酸素を整えている高級なホテルをここでは選んだほうが良いかもしれません。
ドイツ人のご主人とご一緒ならご両人とも英語は問題無いと推察しますが、地図を片手で旅行者然とされずに、大切なものは身につけ(ポシェットは駄目です！)ポケットに30~50ドル位のお金を入れておいて、万一の場合はそれを渡して被害を少なくするようにするなどの工夫が転ばぬ先の杖になるかもしれません。ドイツ人と日本人なのでどんな食事が好みなのか判りかねますが、セビッチェならミラフローレスではpunto azul はお勧めですが昼は30分位の順番待ちです。普通に食べられるラーメン屋もありますが、ペルーの物価は想像以上に高いです。又、一般的にドイツ人は強盗などに立ち向かう傾向があり、結果として大変な事件になることが多いので注意してください。結構ピストルは出回っています。
私の日本んでの携帯番号は 070-2631-5468 です。今回はちょっと長めで6月初旬まで滞在しております。 皆川 雄次

現在治安は残念ながら悪化しているようです。在リマ領事館からも度々日本人の被害報告事例の注意喚起メールが来ています。特に空港から出た通りでのタクシー強盗の事例は多いです。７時間あっても空港を出るのに１時間、市内までの往復に2時間、空港に帰ってからも最低1時間等々市内に滞在できるのはせいぜい数時間程度になります。その時間帯では旧市街は絶対にお勧めは出来ませんので新市街のミラフローレスになりますが、その時間帯では観光すべきところはありません。
食事は出来るでしょうが、スペイン語が出来なければ結局ケンタッキーかマクドナルドになってしまうような気がします。なぜならば時間的余裕が無いからです。タクシーは事前交渉が必要で、基本的に？おのぼりさんはぼったくられる可能性大ですし基本的に現地通貨が必要になりますが、空港内の両替所のレートは低いので損ですが、質問者さんの事情では空港内で両替するしかありません。
諸々考えますと残念ですがトランジットエリア内でアメリカ並みの料金で食事をしたりする方が無難であると言わざるを得ません。
念の為に空港から新市街までは空港内タクシーなら$15。新市街から空港までは35ソーレスが適正料金です。乗り合いバスなら日本円で100円位でありますが、そんな余裕は無いはずです。小さなところ以外はクレジットカードは使えますし、空港へのタクシーもドル払いも可能ですが、その場合は釣り銭の無いように用意しておくべきです。
外に出れば改めて出国審査等が必要になりますし、リマでは国際線の出発は深夜に集中しているので時間が読めません、やはり空港内での滞在をお勧めさせて頂きたいと考えます。スミマセン。

キヌアが国民食と言われるのは少々疑問符がつきますが、古くから摂取されていたことは間違いありません。一般的にはスープに入れて供されるますが、最近になって高血圧や血糖値の改善にも良いとのことで新ためて注目されているようです。かく言う私も上記の理由により義母により進められて摂取するようになりました。キヌアは水分を吸収して体積が大きくなるので満腹感も得られるとのことででダイエットとしても良いらしく日本でも売られるようになり、先月、私も日本で売られているキヌアを見て、何だか懐かしく思いました。キヌア自体には味がほとんど無いので、私はペットボトルの水に適量投入して飲んでおります。但し、キヌアが水分を吸収するのに15~30分程かかるので、大きめのペットボトルにキヌアを多めに入れて濃いキヌア入りの水を作って冷蔵庫に保存して、飲むときは水で希釈するようにして飲んでいます。キヌアの色によって水分を吸収する時間に差があるようで、黒いキヌアの方が水分を吸収のが早く、少しだけですが値段は高めです。
先ほども言いましたがキヌア自体には味がほとんど無いので味噌汁に入れるとかお米と一緒に炊くとか色々考えられます。そんなに量を取る必要はなく、私は1日にカレースプーンなら半分くらいです。こちらでもスーパーに並ぶようになってきましたが、元々はインカ以前から摂取されていた、庶民の食料品ですので値段も安くなるので、私は市場に行って購入しています。

お答えします。
残念ながら2月は日本に行っている可能性がありますので軽々にはお引き受けできかねますことをお詫びします。
ただ、海外に慣れておられるようですので現地手配でも問題無いように思います。例えばクスコ、マチュピチュ(ワイナピチュ)はクスコに行ってから空港や街中の旅行会社で手配出来ます。(殆どが英語OK)
ナスカについてもリマやイカでセスナを含めて予約出来ますし、イカまでのバスなら殆ど予約無しでも大丈夫でしょう。ただし、イカのように近場へのバスのターミナルはセントロに近いことが多いので荷物の紛失等には注意して下さい。
1ヶ月ほど前にクスコに行ったのですが、教員ストで騒然としていまして、その後非常事態宣言が出されました。最近クスコの非常事態宣言は取り消されましたが、プーノ、フリアカには来月の15日まで非常事態宣言が出されています。来年の2月ですので関係は無いとは思いますが、何かが起こりうる可能性を頭に入れて、イレギュラーも楽しんで下さい。ただし、以前と変わりまして強盗はピストルを持っている可能性が高く、アメリカやブラジルのように発砲するようになってきていますので、頭に入れて対処して下さい。
良いご旅行を！。