台湾での感染者数は隠蔽されていません。確認された10人中9人が軽症です。
マスクはどこも品薄ですが、衛生機関は健康な人が屋外でマスクを着用する必要はないと報道しています。それよりもきちんとした手洗いの方が実際的であることも。
因みにマスク類の台湾国外への送付は禁止されています。
今し方の情報では、国内では明日からコンビニでのマスク販売は中止、2／6より国民保険カード（台湾はICカードで各人の通院情報なども記録されている）に基づいてマスク販売がなされる（IDの末尾が奇数は月水金、偶数は火木土、日曜は両方購入OK）体制になるようです。
心配でしたら日本で幾らか入手されてからお越しになると、焦らなくてよいかもしれません。

嘉義在住26年の者がお答えします。
予約そのものは難しくありません。
台湾はネット環境が進んでおり、森林鉄道の切符もサイトから予約できます。
https://afr.forest.gov.tw/tra-afr-web/
問題は、向こう2週間分の予約しかできないことです。
なので10月の初めにならないと、チケット予約はできないということになります。
旅行代理店経由で、もっと早めに取れないか、ということは調査しないとわかりません。
もし、代行予約が必要でしたらお知らせください。