プラトゥーナムの周辺が宿泊先であれば、パヤータイ駅で降りて車に乗った方がいいかと思います。勿論、ラチャプラロップ駅でもいいのですが駅降りてから道路の反対側へ渡る必要が出てきます。大きな荷物を持った状態ですとちょっと大変かな、と思います。
また、土曜の夕方とのことであの辺りは混雑しています(常時混んでいますが)。
一番楽なのは空港からタクシーに乗ってしまうのが良いかと思います。300-400バーツくらいだと思います。空港の到着ロビーから乗るのではなく、出国ロビー階まで上がって建物の外に出ると、空港まで送ってきたタクシーを捕まえる事が出来ます。そうすると少し安くなるはずです。空で都心へ戻るよりは誰かを乗せて帰りたそうな顔をしたタクシーが何台かいると思います。彼らにとってはラッキーなので「メーターで行け」と言えば恐らくなんなりと従ってくれるものと思います。

4時間ですとちょっと短いので空港に留まるのが良いかと思います。
12時間ですと時間にもよりますが、中心地の寺巡りをしてはいかがでしょうか。両空港から都心まで電車もありますし、地下鉄とBTSを駆使すればワットポー・ワットアルンなども巡ることができます。中華街やサイアム周辺のショッピングセンターへも寄れるかと思います。
雨が降ると道は混みますのである程度時間の読める電車移動を基本として検討されてはいかがでしょうか。

何処の水上マーケットでも行ってみると楽しいものと思います。
色々な効率を考えるとツアーに入って回った方が良いかと思います。
大きめのバンに乗って水上マーケットや電車が通過するマーケットなどを1日で回れます。タクシーでも勿論、OKではありますが言葉の問題もあると思いますしツアーが勝るかと個人的には思います。