プラン1のパークプラザホテルは実際宿泊した事が無いのでなんとも言えませんが、ボストンらしいホテルで立地もいいですよね。ボストン名物のダックツアーの乗り場所も近くにあります。コープリ近辺、ボストンシンフォニーなども徒歩圏内です。

プラン2はヒルトン系で安心なのですが、ダブルツリーの場所がダウンタウン、チャイナタウンなでこの辺りを私自身夜、女性だけで歩いた事が無いので少し心配です。2泊目のホテルもチャールズリバー沿いからの眺めはとてもボストンらしく素敵なのですが、夜、最寄りの駅が少し離れているのとチャールズリバーの橋近くを一人で歩くのは怖いかなと思います。(ボストンは日の入りが現在５時です。)
MITやHarverd大学の観光をお考えでしたら電車かバスの便のいい所がいいと思います。
電車はグリーンライン、レッドラインは安全ですが、オレンジラインに夜乗ることはお勧めしません。移動手段としてはタクシーよりもウーバーの方が運転手は丁寧だと思います。ご参考まで。

アメリカの中でも比較的治安はよく、女性1人でも駅近のホテルを探せば大丈夫だと思います。ボストン市内(コープリ辺り)、ボストンハーバー沿いは高級ホテルばかりなのですが、駅は近く観光場所も集中していてロケーションがとてもいいです。予算に合うようでしたらご検討ください。
少し郊外になりますが電車グリーンライン沿いKenmor駅近くのバックミンスターホテル(フェンウエイ球場が近いです)、隣のブルックライン市になりますがホリデーインブルックライン、マリオットホテルコートヤード ブルックライン、日本人の方が経営しているTおばさんの家などが、日本の方々よく使われているホテルです。

コープリー、ヘインズコンベンションセンター近くの「summer shack」が手頃で、オイスターもロブスターもバッファローチキンなども食べられます。