マニラ空港のトランジットについて

ネットサーチと自分の経験、AIの助けも借りて以下が私の回答となります。
　羽田発フィリピン航空でマニラへ向かう国際線は、原則としてマニラ・ニノイ・アキノ国際空港（NAIA）の第1ターミナル（Terminal 1）に到着します。2023年6月16日以降、フィリピン航空の国際線は日本路線を含めすべてT1に集約されています。ただし、フィリピン航空便名でも全日空（ANA）運航便の場合は第3ターミナル（T3）到着となるため、事前に運航会社の確認が必要です。
　マニラ到着後、フィリピン航空の国内線でボホール島（タグビララン空港）へ乗り継ぐ場合、国内線は基本的に第2ターミナル（Terminal 2）発着となります。そのため、T1到着後は案内表示や係員の指示に従って「ターミナル移動待合所（TWA）」へ向かい、保安検査を受けた後、フィリピン航空利用者向けの無料シャトルバスでT2へ移動し、国内線の搭乗手続きを行います。
　ターミナル移動については、空港や航空会社の係員による案内があり、特別な手配をしなくても対応可能です。ただし、入国審査から国内線チェックインまで常に付き添う専属スタッフは通常用意されておらず、確実なサポートを希望する場合は有料の空港アシストサービスを利用することになります。
　Davawatchサイトトに【特集】これで安心、迷わず行ける！！マニラ空港でのシャトルバス乗り継ぎ方法をご紹介（フィリピン航空編）が2024年11月付で、写真付きで掲載されています。私もそのあたりを何度も行き来しましたが、難しいものではありません。それでもサポートが必要な場合は、PTNトラベルがマニラ空港乗り継ぎアシストを提供しています。。旅行者でない一般人が入れないエリアであるために、私が直接サポートすることができません。
　トランジット時間は、通常であれば約3時間あれば可能です。

どういたしまして。ちなみに、別の飛行機に乗り換える場合はトランスファーtransferと言います。トランジットtransitは、着陸するが同じ飛行機で旅を続ける場合ですね。質問者さんの場合は、国内線に乗り換えるので、トランスファーになります。表示に従っていけば、行けるはずですが、必要な場合には、職員を見つけ、アイ・ニード・トランスファーI need transferなどと言って、チケットを見せれば教えてくれます。ターミナルや搭乗口が突然、変更になることもあるので、電光掲示板の表示を頻繁に確認し、時には尋ねることも必要です。どうぞ、良い旅を。

マニラに到着する日とマニラからボホールへ移動する日が同じであれば、マニラで乗換のお手伝いをする事は難しい可能性があります。

マニラ空港での乗換が不安なのでしたらマニラに到着する日の翌日にボホールへのフライトを予約すれば確実にマニラで一泊出来ますので、コチラでそれぞれの送迎が可能です。

全く同じフライトの航空券を手配して頂けるのであれば、羽田で待ち合わせをしてボホールまで同乗し乗り換えなどの案内をする事も可能です。

到着はターミナル1でボホールに行くのもフィリピン航空であればターミナル2に移動になります。ターミナル1にもグラブのブースがあるのでターミナル2に行きたいと言えば手配してくれますよ。保証は出来ませんが恐らく3時間あれば間に合うと思います。

フィリピン・マニラの ニノイ・アキノ国際空港（NAIA / MNL） での フィリピン航空（Philippine Airlines = PAL）国際便・国内便のターミナル は、2025〜2026年時点で次のようになっています：
ウィキペディア、ほかに 2 件
✈️ フィリピン航空（PAL）のターミナル
📍 国際便
Philippine Airlines の **国際線（海外便）は基本的に NAIA Terminal 1 から出発・到着します。�
Philstar.com、ほかに 1 件
📍 国内便
Philippine Airlines の **国内線（フィリピン国内便）は NAIA Terminal 2 です。�
MNLairport.ph、ほかに 1 件
🛫 その他のポイント
Terminal 1：主に国際線ターミナルで、PAL や多数の外国航空会社の国際便が発着します。
Terminal 2：もともと国内用として使われ、現在は PAL の国内便中心のターミナルです。以前は国際線も扱っていましたが、2023年に国際便は Terminal 1 に移動しました。
Terminal 3：他社の国際線・国内線（例：セブパシフィック、エアアジア等）が多く発着しますが、PAL の主要便は 1 と 2 です。
✈️ まとめ
国際線（PAL） → Terminal 1
国内線（PAL） → Terminal 2
※ ご利用のフライトや航空券にターミナル情報が必ず記載されていますが、念のため出発当日にも航空会社からの案内やチケットを確認してください。ターミナル変更は空港運営側の方針等で時々変更されることがあります。

となってます。従い移動が必要になります。
トランジットの為、一度入国しての移動です。詳しくは無いですがターミナル間移動の無料シャトルバスが有るはずです。

到着ターミナルは、チケット予約時の内容に明記されていると思いますので確認してみてください（国際線、国内線の発着ともに）。
PRなら、T1だと思います。