ご参考までに回答を差し上げます。

1 賃貸マンションについて
マンションでの家賃等については全て貸主の地主と直接交渉し、間に立っている物件を紹介するエージェントは交渉すると持ちかけられると思いますが、必ずland loadと直接交渉することをお勧めします。
場所にもよりますが、家賃を毎月払いの場合、1ヶ月分前払い、最低2ヶ月のdepositを要求されます。このdepositは返すと地主はおっしゃいますが、たいていの場合はなんだかんだで返金されない例が非常に多いようです。そのような新聞報道が最近ありました。
支払いは小切手、口座送金が一般的です。支払い通貨は契約時に契約書で定めた通貨になります。
ケニアでの賃貸契約でトラブルになると直ぐに裁判になってしまい、出国も出来なくなる例を聞きますので、契約書については、しっかりとした内容で妥協せず、必要に応じ専門家に相談されることをお勧め致します。

2 現金持ち込みについて
現金は一般犯罪が多いケニアでは、盗難や強盗のリスクが高いため、保管方法を確実なものにすることをお勧めします。海外ATM引き出しは万が一(盗難や強盗のみならず、不良ATMにカードを飲まれてしまう等もあり得ます)に備えて、複数の手段を確保するなどが必要だと思います。
買い物をする場所にもよるのですが、カルフールなどのスーパーであればクレジットカードが使えます。

私は男性なので直接の参考にはならないと思いますが、妻は使用するものを持参してきています。

ビレッジ・マーケットの隣にホテルなどもありますが、Uber含むタクシーの夜間の移動はあまりお勧めしません。夜はそもそも乱暴な運転をするドライバーがたくさんおりますし、どのようなドライバーに当たるのか分からないからです。また、1時間もの移動になると移動経路の途中に治安の良くない地域があったとしても、それを避けることや、そもそも自分たちがどこを通っているか旅行者なら分からないかと思います。旅行などの一時的なものであれば、地理に明るい人と行動するか、夜間に移動をする必要がない計画を立てる方が良いかと思います。

一般的治安対策の範囲を超えた現在の政治情勢(選挙結果及び体制への野党氏じゃらに対するデモの呼びかけ)に対しては、その場所や周辺を避けることで重要です。これは巻き込まれると言うよりも交通渋滞等で当該地域の通り抜けに多大なる時間が必要になる可能性があるからです。日本大使館はかなりタイムリーにそのデモの地域などの詳細を出しているので、ご自身の組織でそのようなサポートがなくとも、ホットスポットを避けることは可能です。

2. ナイロビであればUberでほぼ問題なく移動できます。Boltも使用できますが、ケニア人も夜は利用を避けるようです。確かにあまり良い目に遭いません。カバー率は低く2倍以上しますが、JIM cabというのもあります。信頼性があって予め予約して移動時間を決めておくのであればお勧めです。アプリもありますが、メールでも対応できます。
3. サファリ系は一般的に屋根が上昇して高い位置から見られるようなサファリ専用の車に乗った方が楽しめます。また特に肉食動物は早朝と夜しか動かないのと、目が良いガイドがいた方が見つけてくれます。
全て日帰りで行けます。
4. 徒歩での移動は非常に限られた場所を除きリスクが高いので止めた方が良いです。徒歩で移動しても問題がない各種ショッピングモールの中か、ナイロビ近郊のtea farmに行く方がリスクが少なく安全です。コーヒーはSpring Valleyのコーヒーがお勧めです。コーヒー屋もありますし、豆もスーパーなどで購入できます。Pallet Cafe はユニークですしこれもお勧めです。
5. Dianiに行くのであれば、Ukunda Airstripを利用すれば空港から近いです。Dianiでの車は宿泊する宿の人にお勧めのタクシーを教えて貰えば空港から宿までは移動できますし、Uberも少ないながら利用できたと思います。行ったのは3年も前のことですが。