南米旅行は見所がたくさんあって大変ですよね。ご質問に以下の通り回答します。

クスコからマチュピチュは、バスと電車を乗り継ぐ必要があります。クスコからマチュピチュ行きの電車が出ているオジャンタイタンボ駅までは、バスで2.5時間ほどで、その周りには素敵なホテルがいくつもあります。基本的には、予算に合わせてbooking.comなどで予約するのが良いと思います。もし、人生一度だけの体験をしてみたいということであれば、こんなホテルもあります。

https://naturavive.com/web/es/skylodge-adventure-suites/

クスコからマチュピチュ周遊は2日あれば十分です。その後ウユニに行かれるのであれば、クスコからラパスを経由して行くことになりますが、クスコ発ラパス行きの飛行機が早朝発なので、お勧めはクスコ到着後そのままマチュピチュ村まで行ってしまい、次の日マチュピチュを訪問、その後クスコまで戻って来てクスコに一泊です。

オジャンタイタンボからの電車は、事前の案内だと大きなスーツケースは持ち込み不可となっていますが、実際は何度もスーツケースを持ったまま入っている人を見かけたので、持っていても大丈夫だと思います。南米なのでその辺りは適当です。ただ、マチュピチュへの入場はスーツケースは持ち込めません。マチュピチュ村からマチュピチュの入り口までは更にバスに乗る必要があるので、大きな荷物はホテルに置いて行くことになります。それなりのホテルであれば、帰りの電車の時間に合わせて荷物を駅まで届けてくれるので、マチュピチュ訪問後はそのまま駅に行くことも可能です。

空港の両替所は基本的に24時間開いています。街中の方がレートは良いです。特に、繁華街の街角にいるベストを着た両替商が一番レートが良いです。しかし、朝夜はいませんし、両替後を狙う犯罪がたまに起きるので、空港で両替することが一番無難です。ナスカにも両替所はありますが、基本はリマの方がレートは良いです。