はじめまして。

私は、滞在許可を1年前にミュンヘンで取得しましたが、エージェントにはお願いしませんでした。（ブログなどでは「滞在許可 Aufenthaltserlaubnis」 と書いている人が多いとおもいます。ビザと厳密な違いがわかりませんが、検索されるきにたぶんこちらの単語で検索されたほうが情報が多いです）
個人的な印象ではエージェントに頼めるような作業は難しくないと思います。それよりも、仕事をみつけたり、書類を用意したり、ドイツ語の資格を取得することが大変だと思いますので。それができれば、外国人局に予約して提出するのは時間がかかったりフラストレーションがたまりますが、提出するだけなので難しくはないです。日本語でやりたい場合は、日本のドイツ大使館で滞在許可を取得してから渡独するというのもあるかと思います。

ご覧になられているかと思いますが、必要書類はドイツ大使館のページに情報があります。

就労・研修・研究滞在ビザ
https://japan.diplo.de/ja-ja/service/arbeitsaufnahme-973582

家族帯同ビザについて
https://japan.diplo.de/ja-ja/service/2473964-2473964

家探しは、ミュンヘンはドイツ内で家賃が一番高いという話もききます。倍率も高いです。私もこの1年以内で2人暮らしの家を探しましたが、どこの物件も500人くらいからの応募があったようです。ImmobilienScout24というアプリで探しました。応募したのは30軒くらいで、内覧は7軒、契約依頼は1軒で決まりました。おそらくとても運がよいケースだと思います。

ドイツでWebエンジニアをしております。仕事の探し方については、私はやったことがないのでわかりませんが、周辺情報を共有させてください。

過去の質問も拝見しましたが、ドイツ語が学習中ということですので、ベルリンの企業を中心に探された方が良いかと思います。それ以外エリアと比較して、ベルリンでは英語だけの職が比較的あるようです。国の経済状態やAIの進化などの外部要因に左右されるので雇用状況というのは安定的ではないものだと思いますし、現実的に自主的な転職から解雇、倒産の可能性もあるかと思いますので、次の会社も見据えて仕事が見つかる確率が高い都市がよいかと思います。夫婦共働きの場合は、どちらかの転職で引っ越しもなかなか難しいと思いますので。

また、健康保険の観点から、就職を強くおすすめします。フリーランスは全くおすすめしません。初回にフリーランスで始めると民間保険に加入することになます。公的保険は入れません。民間保険は、非常に高額になります。年齢や病歴にもよりますが、1人あたり毎月10万円はかかると思います。歳とともに増額されていきますし、さらに病歴によっては加入すらできません。民間保険から公的保険への切り替えは基本的に不可能とのことですので、長く住まれるのでしたら、初回は公的保険に何としてでも加入したほうがいいです。もちろん経済力によっては、民間保険も問題ない方もいらっしゃるかと思いますが。

私のブログでないですが、これは保険に関して参考になると思います。
https://note.com/meyco/n/na7321eafc3fd

参考になれば。

私はドイツで個人事業主として2年ほど、日本の2社から業務委託で仕事をしています。ビザは配偶者ビザです。

まず先にお伝えしたいことがあります。私は渡独前、自分でいろいろ調べて何とかする手段をとりました。今振り返ると専門家にお願いしたほうが経済的にははるかにプラスでした。今も不要なコストを払い続けています。専門家への相談をおすすめします。ネット上の体験談は、その方にとっては正しいのだと思います。ただビザの種類、仕事の有無、健康状態、年齢、滞在予定期間——こうした条件が少し違うだけで参考にならないこともあります。もちろん専門家も自分のケースに万能ではなく、すべてを網羅している方はいないので、最後はご自身で判断する場面も出てきますが。

> ・ドイツでは偽装個人事業主と受け取られないために全収入の6/5以上を1社からもらうと(いろんな条件も踏まえて)警告が来るときいてます。

この点は私自身心配したことがありませんでした。少し調べたのですが、公的年金保険（gesetzliche Rentenversicherung）の対象になるか、というご心配でしょうか。私の理解では自営業者の年金保険は現時点で強制ではなく、強制化するかが今まさに議論されている段階のようです。タイムリーな話題のようで、残念ながら私からお伝えできることはありません。
https://www.versicherungenmitkopf.de/rentenversicherung/rentenversicherungspflicht-selbststaendige

また、ドイツで永住権を取得されたい場合は、5年間の年金加入が必要です。そちらも考慮されるとよいかもしれません。

もしかすると営業税（Gewerbesteuer）のご懸念かもしれませんので、私のケースもお伝えします。

ドイツで個人事業を始めるときは「Freiberufler（自由業）」か「Gewerbetreibender（営業者）」のどちらかで登録します。Freiberuflerなら、ELSTERというサイトから税務署に提出するだけで済みます。Gewerbetreibenderは、加えて市町村の窓口でGewerbeanmeldung（事業登録）が必要です。

注意したいのが、どちらに当たるかは自分では決められず、最終的にFinanzamtが判断する点です。私もFreiberuflerのつもりで始めましたが「Gewerbebetrieb」と判断され、後からGewerbeanmeldungを行いました。手続きはオンラインで完結し、IHK（商工会議所）にも自動で通知が行きます。営業税も住んでいる市から請求がきました。

Gewerbetreibenderになると、Gewerbeanmeldungのほか、IHKへの加入が義務になり利益によっては会費もかかります。そして営業税の対象になります。営業税の請求額を初めて見たときは利益の1割近くになることもあり、追加負担として、かなりショックでしたが、実際の負担はそこまでではありません。非課税枠がありますし、支払った営業税は所得税から差し引かれる仕組みです（§35 EStG）。大部分は所得税の減額という形で戻ってくるイメージです。

> また、日本口座でもよいのか、ドイツの口座での管理が必要なのか、行政回答がなく、、、教えていただきたいです。

クライアントからの入金については、私は日本の口座に円で振り込んでもらっていて、問題になったことはありません。売上・経費・納税の管理には、日本のfreeeのようなAccountableというサービス ( https://www.accountable.de/ ) を使っています。入金日ベースで自動的にユーロ換算してくれるので、無理なく管理できています。私は税務調査されたことないですが、仮に調査が入っても日本の銀行の明細と為替と帳簿があれば問題ないと思っています。

一方、生活面ではドイツの口座がないとかなり大変だと思います。C24のようにほぼオンラインで開設できる銀行もいくつかありますので、口座開設はたいした手間ではありません。

最後に、ご質問にはありませんでしたが健康保険についても少しだけ。

ドイツには公的保険とプライベート保険があり、月々の掛金がまったく違います（その分サービスも違いますが）。個人事業主として新たに加入する場合、実質プライベート保険しか選択肢がないです。

もし過去に戻れるなら、入国直後の無職のうちに（個人事業の登録前）公的保険に入っておけばよかったと思っています。

移住がうまくいくことを願っています。