9/29～10/7でベトナム旅行を予定しています

今回のご良好に日程ですが、10月7日中に日本帰着ということでしょうか。また利用される航空会社により、このあたり現地での活動時間が変わってきます。
以下は成田もしくは羽田からのベトナム航空でベトナム直行便を利用された場合を想定してアドバイスさせて頂きます。
直行便使用の場合、日本を午前出発、同日午後2時頃各地（ハノイ、ホーチミン、ダナン）到着し市内まで移動となりますので、夕刻街の散策やちょっとしたナイトツアーなど参加可能です。
帰国便については深夜12時過ぎ現地発、日本に同日朝着が基本です。（中には午後発深夜日本着便もあるようですが）

7日中に日本に帰着必要となると実質ベトナム滞在は9月29日夕刻から10月6日夕刻となりますね。但し8日朝の日本着が大丈夫なら1日プラスとなります。

各都市間の移動ですが、ハノイ―ダナン　ダナンーホーチミン　がそれぞれ1.5時間ほどの
フライトと発着空港のアクセスを考慮すると1.5時間程プラスが必要です。

結論から申し上げて、この日程で3都市（多分ダナンからホイアンにも行かれるものと思います）回るには余程色々観光したいというのでなければ大丈夫だと思います。
ただ、ハロン湾の1泊2日クルーズなどされるのであればその分他所での観光時間調整が必要かもしれません。
また国内の移動便を早朝あるいは夕刻にされれば観光の時間が結構多く獲れます。

もう一つのご質問の北からか南からか、これはいずれも大きな違いはないと思いますが、一つだけ調べておかれた方が良いのは、観光で立ち寄られる博物館、その他の休館日です。　月曜日休みとかもありますので、訪問されたいところがこれに重ならないようにスケジュールを組んで下さい。　（昼2時間ほど閉館するところもありますよ）
また鉄道移動ですが、長距離移動はお薦めしません。　便数が少ない、遅い、結構運賃が高いので限られた時間内での利用はむずかしいかと思いますよ。

以上ざっくりですが、ご参考になればなによりです。

2018年6月6日 19時19分