こんにちは

高速バス(長距離バス)は、当日に買っても前もって買っても知っている限りでは値段は変わらないです。インターネットのバス会社サイトで購入すると直接買うより安くなる(大幅には変わりません)ことが多いです。

①旅行期間が短期間の為、日本からの便でイスタンブルへ入り、ギョレメ(ネヴシェヒール空港)へのフライト待ち時間が最低限であれば飛行機をオススメします。
イスタンブルを日中出来るだけ観光して、夜にイスタンブルを出発しギョレメに朝到着のハードプランで良いのなら高速バスが良いかと思われます。所要時間10〜11時間　120TLくらいのようです。

ギョレメからパムッカレ　高速バス　所要時間約10時間　80TLくらい

パムッカレ(デニズリ)から電車でセルチュクも可能です。3時間ちょっと
約17TL
http://www.trensaat.com/2017/08/12/denizli-selcuk-tren-saatleri/

エフェスからイスタンブル　高速バス　所要時間約10時間　110TLくらい

イスタンブルを最初に観光し終え、その後カッパドキア、パムッカレ、エフェスを観光し、その後イズミールよりソフィア行きの高速バスに乗る、もしくは飛行機を使用するとか・・・もしかしたら直行便があるかも(いくつかの航空会社をチェックしたけれどイスタンブル経由でした。)

https://www.metroturizm.com.tr/otobus-bileti/IZMIR-SOFYA?date=02.07.2018&tw=0#

②スケジュールには無理がないようにも思いますが、すごいハードだと思います。夏場は日の入りが遅いので、体力さえあれば１日を存分に使えるので可能かとも思われます。

トルコ国内の航空チケット代は、日本に比べると破格値です。

https://www.turkishairlines.com/tr-tr/
LCC:
https://www.flypgs.com
https://www.onurair.com/tr/
https://www.anadolujet.com/tr

回答の足りないところがあればおっしゃってください。
出来ることはお手伝いします。

こんにちは。私はイスタンブールに住んでいないので、イスタンブール在住の友人に聞きましたところ、市内は変わりない状態だそうです。
ロシア機空爆の件ですが、トルコ側はトルコ領土に侵入したロシア機に対して、何度かの警告をしたが対応が無い為とのこと。　謝罪はしないが両国の事を考え争うつもりはないとのことです。ボスポラス海峡の閉鎖は国際協定があるのであり得ないと友人は言っていました。
私も９日にイスタンブールへ行く予定ですが、少し心配しています。　いつどこでなにが起こるか分からないので、大丈夫ですよとも言えません。
キャンセルが可能なら、もう少し落ち着いてから来られた方がご家族の方々も安心されると思います。もし来られるのでしたら、人混み（イスタンブールはどこも人でいっぱいですが）を避けて、用事が済んだらすぐ立ち去るという感じで、気を付けて観光をされますように。

こんにちは
Fresco cave mansions
Mdc cava hotel
がお薦めです。
現在、地中海クルーズにでているので、詳しく調べることができませんが、ネットでホテルを検索してみて下さい。
ギョレメでホテルをとる方が良いかと思いますが、ツアーをとるなら市外でも良いかも。他にも良い所がいっぱいありますから、帰宅したらまたみてみます。
取り急ぎ。