yasuon様
リベリア行きの路線バスPulmitanはネットや電話のオプションはなく、直接購入しなければならないので、ターミナルまで出向く必要があります。確かにサンホセのバスターミナル周辺は商店がひしめきあっていることもあって混沌とした様子ですが、命の危険があるような地域ではありません。
空港からタクシーが一番早くて確実です。コスタリカは女性が一人で流しのタクシーに乗れる、中南米でも数少ない国の一つです。最近はUBER利用も多いです。

通常の雷をともなう雨と理解されればよいと思います。
私も先週、山のほうへ行くのに天気予報を見てみたところtormenta(=thunderstorm) とあったので、あれれと思いましたが結局小雨がぱらついた程度でした。
（近年、確かに、新聞などで目ていると、雷の観測数は年々増えているように思いますが、これはご質問には関係なかったですね。）
楽しいご滞在になりますように。

日本以外では、安全はお金で買うものと言われますものね。ご心配ですよね。
サンホセも小さいようで大きいです。お泊りのエリアにもよりますが、私個人的にはサンホセの中心部で灯りがあって人通りの多い場所でない限り、夕方暗くなってから徒歩で外出はしません。
コスタリカのUberは安心です。今まで嫌な思いをしたことは一度もありません。
最近、Uber Eats がものすごく増えています。夕食はUber Eatsで宅配もいいかもしれません。

既存の”薬草文化のツアー”は聞いたことがありませんが、サンホセ中心部をコロナ前に定期的に案内していたグループでは植物のスペシャリストが来る日がありました。（案内してくれるのはコスタリカ人の若者で、色々な分野のスペシャリストが交代で担当していました）
私自身には知識はありませんが、一時期、定期的にパナマとの国境まで薬草を買いに行っていました。
また、国内にはあちこちにFinca Didactica とか Finca Integral Educativa と名前のついた、人々にサステーナブルな生活を啓蒙するための農園がありますが、それらの多くではポピュラーな薬草を栽培していると思います。

ベージャビスタにはすでに問い合わせされておりますでしょうか。ツリーハウスの集まったゲストハウス・コミュニティです。
https://www.fincabellavistacommunity.com/
私が訪問したのは8年前なのですが、久しぶりにサイトを見てみましたらヨガに関心がある方は特にご連絡ください、とありましたので…
https://www.fincabellavistacommunity.com/amenities/spa-wellness/

当時はボランティアの方々の滞在は無料で、アメリカやヨーロッパからの若者が数名働いていました。パンデミック後の様子はわかりません。首都からはかなり遠いです。が、興味深い施設でした。