マルタにはBoltやe Cacbsというタクシーがあります。アプリをインストールして、出発地と到着地を入力すると、近くにいる車がいくつか示され、その中から自分の好きな車を選べば、（どんな車が何分で到着するのか、その料金などが分かります）ほとんどの場合すぐに来てくれます。今、その車がどこにいるのかも見られるので、とても便利です。料金も安く、初めに示されている料金以外に請求されることもありません。運転手さんも親切や方が多いですよ。マルタ本島からゴゾ島まではチェラケウワフェリーターミナルからフェリーで行きますが、フェリーには車を積み込むことができます。でも、それにBolt等が対応してくれるかどうかはわかりません。でも、ゴゾに到着した後でも、すぐにBoltなどは利用できると思います。コミノ島は車で回るというよりは、小さな船でコミノのビーチまで行って、海を楽しむのが良いのではないかと思います。というか、コミノの夏はそれ以外にやることないのでは…という感じです。ゴゾもコミノも同じチェラケウワフェリーターミナルから船が出ています。ゴゾは観光用のバスも出ていますので、そちらを利用するのも良いのではないかと思います。マルタのあちらこちらで、チケットを売っていますし、フェリー乗り場でも購入することができます。また、マルタのスリーマのフェリー乗り場から直接ゴゾやコミノに行く船も出ています。こちらは車の積み込みはできないと思います。また、こちらは1番早い船でも10時位の出向だったような気がするので、一日を有効に使いたいのであれば、チェラケウワフェリーターミナルからゴゾに行くのが良いと思います。こちらは地元の方々の交通手段となっているので、朝早くからフェリーが出ています。何だかまとまらない文でごめんなさい。マルタ、楽しんでくてください。

現地に行けば、Googleマップ検索で出てくるのではないかと思いますが…
私が今年の2月までの1年間滞在している間はそれで大丈夫でした。他にバス会社のアプリを入れておくと便利かもしれませんよ。最寄りのバス停にあと何分でバスが到着するかなど、見ることもできます。
アプリ名→Tallinja
紺色の背景に緑のバスマークが書かれているアイコンです。写真を添付しようと思いましたが、出来そうなないので、言葉のみのお知らせです。

マルタに一年ほど滞在した者です。私はフェリーが運休になった話は聞いたことがありませんでした。フェリーのことを気にされているということは、ゴゾ島やコミノ島にいくことを計画していらっしゃるのでしょうか？
5月中旬くらいは良い時期かと思いますので、楽しんできてください。治安も良いので、一人旅も心配ないと思います。

以前にマルタに留学していましたが、現在は日本に帰国している者です。
①についてですが、私はレンタカーを利用したことがないので、詳しくありません。メールでの問い合わせが可能かと思いますので、メッセージを送って確認するのが1番かと思います。私も検索してみましたが、空港隣接駐車場の中に、BEE maltaの名前は見つかりませんでした。

②についてですが、設定時間は到着予定時刻の一時間半後、そこから45分の猶予があるということでしたら、多分問題はないのではないかと思いますが、こちらもメールで連絡が取れるようにしておくとよいのではと思います。ヨーロッパでは、WhatsAppというLINEのようなアプリでメッセージをやり取りすることが多いので、日本にいる間にこのアプリを入れておけば、簡単に現地の人と連絡を取り合うことができます。レンタカー会社とも、このWhatsAppを利用して連絡を取り合うことができるのではないかな…

③についてですが、ホテルはどこの地域にとられたのでしょうか？
小さな国ですので、ホテルがもそれほど時間はかからないかもしれませんが、時間帯によっては、とても道が混み合います。空港で待っているご家族には時間が長く感じられるかもしれません。一台はレンタカーで、そしてもう一台はタクシーを使われることを考えても良いのではないかと思います。タクシーは空港のバス停近くに白タクが止まっていると思いますが、こちらは利用しない方がよいかも…です。(留学先の学校からそう言われていました。）
Boltというタクシー会社があるので、こちららもアプリを入れて行き先を指定すれば、すぐに呼ぶことができます。初めに料金も出て来るのでそれ以上請求されることはありません。（何種類かの車の中から選ぶことができます）　空港なら駐車場で待機しているので、待ち時間もないですよ。
私が留学している時に、家族が会いに来たことがありました。初めはレンタカーを借りる予定でいたようですが、結局マルタにいる間中タクシーを使いました。かえって、安く上がったようです。コンパクトカーからワゴン車までありますので、お好みのものが見つかるのではないかと思います。観光地ならだいたいどこにいっても近くで待機していると思います。何分で到着するかも分かりますよ。（余計なことを言ってすみません）
③の質問の答えですが、ご家族を迎えに行ったときに停車する場所はあります。空港入り口の真ん前にみんな止めています。一度バーのあるところを通るので、もしかしたら、出る時に料金がかかるかもしれません。大した額ではないと思いますが…

以上長々と失礼しました

マルタへの旅、楽しんできてください。