レンタカー屋さんは利用したことがないので、分かりませんが、マルタでは、BoltやeCabsというタクシーがあり、比較的安価で利用することができます。アプリをインストールするとすぐに使えるようになります。車と料金を前もって選ぶことができるので、後になってから別料金を請求されることはありません。車種や時間帯によって料金が違うようです。至る所にタクシーは控えているので、割とすぐに来てくれますよ。もちろんレンタカーも良いと思いますが、Bolt等のタクシーも考えてみるのも良いともいます。（白タクではなく、この2社のどちらかがよいです）
ブルーグロットについてですが、ボートに乗る計画でしょうか？もし行くなら午前中がオススメです。ブルーグロットに日が差し込んで、より綺麗に見えるようです。2歳のお子さんがいらっしゃるとのことですが、ボートではライフジャケットを着用します。私は幼児が乗っているのは見たことがありません。（たまたまかもしれませんが）もしも、ボートになるならば乗船可能年齢を確認した方が良いかもしれませんね。ボートに乗らなくても、ブルーグロット乗り場から少し離れたビューポイントから、航行しているボートを見ることもできます。ブルーグロットの周りはそれほど賑やかな場所ではないので、午前中にブルーグロットに行った後には、他の観光地に移動するのが良いと思います。お昼を食べに、マルサシュロックに行くのも良いかな… マルサシュロックはサンデーマーケットで有名ですが、港周辺のレストランは平日でも営業しています。定休日もあると思いますので、チェックして、予約されることをオススメします。

マルタにはBoltやe Cacbsというタクシーがあります。アプリをインストールして、出発地と到着地を入力すると、近くにいる車がいくつか示され、その中から自分の好きな車を選べば、（どんな車が何分で到着するのか、その料金などが分かります）ほとんどの場合すぐに来てくれます。今、その車がどこにいるのかも見られるので、とても便利です。料金も安く、初めに示されている料金以外に請求されることもありません。運転手さんも親切や方が多いですよ。マルタ本島からゴゾ島まではチェラケウワフェリーターミナルからフェリーで行きますが、フェリーには車を積み込むことができます。でも、それにBolt等が対応してくれるかどうかはわかりません。でも、ゴゾに到着した後でも、すぐにBoltなどは利用できると思います。コミノ島は車で回るというよりは、小さな船でコミノのビーチまで行って、海を楽しむのが良いのではないかと思います。というか、コミノの夏はそれ以外にやることないのでは…という感じです。ゴゾもコミノも同じチェラケウワフェリーターミナルから船が出ています。ゴゾは観光用のバスも出ていますので、そちらを利用するのも良いのではないかと思います。マルタのあちらこちらで、チケットを売っていますし、フェリー乗り場でも購入することができます。また、マルタのスリーマのフェリー乗り場から直接ゴゾやコミノに行く船も出ています。こちらは車の積み込みはできないと思います。また、こちらは1番早い船でも10時位の出向だったような気がするので、一日を有効に使いたいのであれば、チェラケウワフェリーターミナルからゴゾに行くのが良いと思います。こちらは地元の方々の交通手段となっているので、朝早くからフェリーが出ています。何だかまとまらない文でごめんなさい。マルタ、楽しんでくてください。

現地に行けば、Googleマップ検索で出てくるのではないかと思いますが…
私が今年の2月までの1年間滞在している間はそれで大丈夫でした。他にバス会社のアプリを入れておくと便利かもしれませんよ。最寄りのバス停にあと何分でバスが到着するかなど、見ることもできます。
アプリ名→Tallinja
紺色の背景に緑のバスマークが書かれているアイコンです。写真を添付しようと思いましたが、出来そうなないので、言葉のみのお知らせです。