JFKから3キロ以内にホテルはありますが、空港周辺は治安が良くないので、真夜中の到着は個人的にお勧めしないです。

しかも早朝にホテルから空港まで歩いて行けるわけではないので、ホテルのシャトルバスがあればそれを利用、またはUberやタクシーを利用することになるので、二度手間になります。

結果、マンハッタンからUberをお勧めします。ただし、少々割高になりますが
事前予約をしておくことをお勧めします。
(以前、朝4時にUberを探しましたが、天候が悪く、なかなか見つからなかった経験があるので、事前予約をしておくと安心です。)

それでは、楽しい旅を！

エアトレインでJamaicaまで出て地下鉄で移動しても問題ありませんが、5時間という限られている時間であれば、　Long Island Rail (LIRR - MTA)で　Jamaica　→　Grand Central（所要20分）に乗り、グランドセントラル駅近くを観光するのは如何でしょうか。　

グランドセントラル駅から徒歩５分以内にあるサミット ヴァンダービルトの展望台からＮＹを眺めるのもいいのですが、標準的なバックパック等より大きい荷物の持ち込みをすることが不可能ですので、注意が必要です。（原則、他の観光施設も同じような規定です。またチケットは事前に購入しておくことをお勧めします）

以下が電車の情報（MTA）になります。　携帯アプリを入れるとEチケットの購入もできます。
LIRRでなく、普通の地下鉄であれば、Jamaica (E Train乗車 ) →　42st （タイムススクエア）も行けますが、マンハッタン　Jamaica　間は５０分～１時間程度の所要時間を見てください。　最後にJamaicaからエアトレインでターミナルに行くまでの時間は別途、かかります。

https://www.mta.info/schedules

楽しい旅をお過ごしください。

地下鉄の7番は野球場の目の前でグラセン駅の隣のFifth Avenueで下車し
ホテルまで歩いて10分位です。(ここでロックフェラー行に乗り換えることもできますが、夜は本数が少なくなる可能性もあるので、歩いたほうが早いです。)

7番は本数も多いですし、夜に乗っても問題ありません。　
ただし、帰りはとても混むと思いますので、少しでも早めに出ることをお勧めします。

グラセンの方が断然に便利だと思います。
JFKから電車が直通ですし、駅からホテルが近いのであれば問題ないかと思います。

ニューヨークが初めてでしたら
5日間、ニューヨークで過ごされてはいかがでしょうか？　　ニューヨークは見るものがたくさんありますので、5日間もあっという間だと思います。どうしてもナイアガラに行きたいのであれば、1日ツアー　(日帰り)をお勧めします。12時間ツアーになると思います。

最後に気をつけていれば、治安も心配する事はありませんが、タイムズスクエアあたりではスリにお気をつけて下さい。　
9月は気候も良いのでどうぞ、ニューヨークの旅を楽しんでください。

ヤンキーススタジアムの近辺は治安が悪いので個人的にお勧めしません。

地下鉄でマンハッタンのミッドタウンまで戻っても20分位ですので
マンハッタン宿泊することをお勧めします。

また、ロケッツは残念ながら
今年は11/6から
開催予定のようです。

9月末は気候も良いので、楽しんでください。

3/9より夏時間になりますので、朝の6時は明るくなりますし、日の入りも長くなります。

グラセンから1台の携帯でチケットを2枚購入する事は可能です。乗る前に別々にアクティベートしてください。6時であれば、朝のラッシュアワーをギリギリ避けられると思います。

最後に3月の気候ですが、東京よりは寒いと思います。雪は降らないと思いますが、
ライトなダウンがあると便利かもしれません。　ちなみに毎年ニューヨークの桜が満開になるのは4月10日辺りです。

楽しい休暇をお過ごしください。

ブロードウェイ　ミュージカルは、お泊まりのホテルから徒歩5分から10分内にあります。夜も遅くまで賑わっていますので、
問題なく帰ってこられると思いますが、スリに気をつけてください。
ミュージカルは11時ごろに終わると思いますが、寄り道しないでホテルに戻られることをお勧めします。

また、タイムズスクエア近辺は観光客用のレストランが多いので個人的には行きませんが、46丁目と9番街から西はレストラン街　{Restaurant Row)と呼ばれており、
スペイン料理やブラジリアン等、人気のレストランがあります。

ギリシャ料理がお好きでしたら、少し歩きますがAvra と言うレストランがロックフェラーの近くにあります。このレストランはマンハッタンにいくつかあり、ランチも夜もお勧めですが、予約を取るか開店と同時に行くことをお勧めします。

どうぞお気をつけて楽しんでください。

アメリカにお住まいなのでしょうか？それであれば、事前にUberを予約しておくことをお勧めします。　アメリカにお住まいでなく日本から入国される場合は、入国手続きにある程度の時間がかかるので、到着してからUberを予約することをお勧めいたします。　　

バワリー地区は夜遅くまで賑わっており、大通り（E.Houston等のアップタウン方面）は人通りも多いです。リトル・イタリーはチャイナタウンとSOHOの間に位置していますが、SOHO方面、アップタウン方面であれば人通りも多いです。　ライブが終わるのが遅いのであれば、大通り沿いにお帰りになるといいと思いますが、不必要に１２時以降に一人で歩き回るのはお勧めしません。（理由はお一人の上、土地勘が無いからです）

個人的にはUBERは問題ないと思っています。21時台以降は混雑することもあるので、余裕を見ることをお勧めします　（UBERの料金も混雑状況、天候によっても値段が違いますが、だいたい＄90-＄100　+　Tip　くらいでしょうか。。）　

電車であれば、　New York Penn Station からLong Island Rail (LIRR)で Jameica　Station（20分）、そこからJFK専用のAir Trainで各ターミナルに行くこともできます。Uberに比べて安価ですし、早いですが、ペンステーションは LIRR , NJ方面に行く電車 (NJ Transit)、アムトラック、地下鉄も入っているので、迷う方がいらっしゃいます。

また、Jamaicaまではいくつかの路線（LIRR）が走っているので、事前にMTA Train Timeというアプリをダウンロードし、　From NY　Penn 　to Jamaica を入力し、チケット購入と時刻表、どこ行きの電車かを調べておいた方がいいと思います。また、同日も早めに駅に行って、乗る場所を確認してください。　（地下鉄でも34 Street →　Jamaicaまで行けますが、時間がかかるのでLIRRの方が宜しいかとおもいます。）

最後にJamaica Stationは治安があまり良くありませんので、Air Trainを目指して歩いてください。　２１時台でも問題ありませんが、注意は必要です。お気をつけてください。