わたしは、ケルンに住んでおり、距離的に３都市の様子についてはわかりません。
ケルン近郊の現状だけお伝えしますと、フランステロ以降警察の人数は比較にならないほど増えました。各クリスマスマーケットでも要所に配置されており、安心感は感じます。
ただ、わたしはこの冬が初めてですので、例年との比較ができませんが。難民流入の件については、こちらは特に変化を感じたことはないようです。お気持ちお察しします。

ぼくもまだ半年の滞在ですので、詳しいことはわかりませんが、知っている範囲内でお伝えさせていただきます。

ひとつのマーケットに３０分くらいだと、すこし短く感じられるかもしれません。マーケットは基本的にキャッシュだと思います。

価格は、ものによりますが、飲み物だとソフトドリンクで２～５€くらい、アルコールだと５～１０€が目安でしょうか。食べ物だとウインナーや鮭などの料理であれば５～１０€はすると思います。もちろんクッキーやチョコレートなど２～５€くらいで売っているものもあります。アイススケートやカーリング、アイスホッケーのできるところもマーケット内にあったりしますが、時間があれば体験されてみてはいかがでしょうか。

トイレは、飲食店に入った際に済ませることをおすすめします。レストラン内にはほとんどトイレはありますし、飲食している人は無料です（トイレだけ借りるのは無理だと思います）。カフェ等でも飲食をすれば利用できるところが多いと思います。あと、もし電車で移動される場合、電車内のトイレも無料で利用できます。バス移動の場合、ツアーであれば案外バス内に設置されているかもしれません。
有料のトイレは相場で50￠～１€だと思います。50￠であれば50￠コインが1€であれば1€コインが必要でおつりがいらないように用意しておいた方が安心だと思います（ここが日本とちがうところかもしれません）。

ドラッグストアやスーパーマーケットは基本的にカードが使えると考えてくださっていいと思います。

ご質問以外にお伝えできることとしましては、
①現在ドイツは冬時間でして、日が昇って明るくなるのが8時前後、夕方の18時には暗くなります。気温は、朝晩で０～5度、日中でも10度前後といった感じでしょうか。
②ドイツでは、日曜日はドラッグストアやスーパーマーケットは休みです。あと、コンビニはありませんが、飲み物やお菓子、生活用品が売っているミニキヨスクみたいなお店があります（スーパーマーケット等にくらべれば2～3割高いです）。
③平日であればドイツの都市銀行は、日本円からユーロへの換金も可能だと思います。その際はパスポートが必要です。屋台で使うくらいであれば、50€札以下の細かい札が便利だと思います（100や500は使えない場合もあるかもしれません）。
④写真を撮りましょうかと声をかけてくる方は、基本的にお金が目当てです！
　あと、花束をもって一輪ずつ手渡してくる方も！

クリスマスマーケットは、とにかく楽しいです☆☆☆
ぜひ、ドイツの冬を楽しんでください。

＊都市によっても違いがあると思いますので、目安くらいに考えてくださいませ(^^)