もうベトナム入りしてるのでしょうか？
ビジネスに関してはお力になれるかどうか判りませんが、詳細お話しいただければ。

10月ですと南部、中部はまだ雨季ですね。特に中部（ダナン）は雨季真っ只中かもしれませんね。
ベトナムが初めてで観光がメインでしたら世界遺産を中心に以下参考。
大体のホテルでツアーを頼めます。
ハノイ拠点　。。。　ハロン湾（1日）、サパ（2~3日、日帰りは無理）、ハノイ市内、タンロン遺跡、ホーチミン廟等（1日）
ダナン拠点　。。。　ダナンビーチ（そもそもリゾート多い）
　　　　　　　　　　フエ（王宮巡り）（1日）、ホイアン（1日）、フォンニャー洞窟（1日）、ミーソン遺跡(1日)
ホーチミン拠点。。　メコン川ツアー（1日）、ブンタウ（1日）、ダラット（2日)、市内（1日)

ツアーの場合は大体ネットで検索できます。乗り合いや１台貸し切り等もいろいろありますが、日本でツアー申し込むよりは現地でツアー申し込んだ方がはるかに安上がりかもしれません。

Agodaを普通に利用してますが別に問題無いと思いますけど。
予約が入っていない等のトラブルはAgodaの問題じゃなくホテル側の問題かと思います。
特にベトナムでは3★以下のホテルは予約管理がいい加減なところがありますね。

お得というのであれば、街の両替店での両替が一番良いと思います。
為替レートも空港やホテルよりも良いと思います。
空港からすぐに現金が必要なのであれば空港で両替するしかありませんが、まず日本の空港での両替はレートが悪いので両替するならベトナムの空港でする方が良いです。空港内の両替店はお店によってレートが違うのでレートの確認必要です。
両替店以外でVNDにする方法としてはクレジットカードにてATMから引き落としすることも可能です。PLUSやCirrusと提携しているカードがATMから引出し可能です。但し、一回の引き落とし額の上限が2,000,000VND～4,000,000VNDとなっていて一回あたり30,000~50,000VNDの手数料を取られます。提携銀行ATMにより引出上限や手数料が異なります。また通常クレジットカードの為替レートはあまりよくないです。ベトナムで50万円以上使う予定がないのであれば日本円を現金で持ち込んで市内の両替店にて必要額だけ両替する形が一番賢いかと思います。

影響というか、、ワンストップをどう考えるかだけですね。
ベトナム人目線でみると格安のワンストップはそれほど需要ないかもしれません。なぜならたくさん荷物を持ち込むことが多いから。。。LCCだと荷物の量で運賃が高くなるケースがあるので敬遠する場合があるでしょうね。
ホーチミンは直行で6時間程度ですが、ワンストップだと最短でも10時間はかかるし乗り継ぎ便次第で15時間～1日ということにもなるでしょうね。。要は時間をとるか安さを取るかですね。

そういう意味では台湾経由じゃなくても他にも格安便はありますよ。
韓国(仁川）経由、香港経由、バンコク経由とLCCを駆使すると安くあげることは可能です。

ちなみにこのバニラエアのホーチミン線はベトナム発でも購入可能みたいですよ。Webから予約可能でした。