子供さんの年齢を考慮するとサンフランシスコ農場という農場ホテルが最適かと思います。
パンタナル南端にあるという地の利を利用、その一部を広大な水田として利用している農場で、その部分は原生の植生が伐採されましたが、新しい人工の環境にも野生動物は適応し、農場も観光をビジネスとしているので自然保護には熱心で、それらの野生動物も保護されている状態となりました。また原生の植生が撤去されたことで皮肉にも見通しがよくなり、そのために特別に動物ウォッチャーでなくても野生動物を目視できる可能性が高いのです。またここは、野生動物は夜行性であることが多いことに着目、ナイトサファリをアトラクションの目玉とし、力を入れています。このアトラクションではパンタナル全体で見渡してもここほど力を入れているところはありません。
動物好きの子供さんには、動物園ではないが動物が生で見られる、という意味で最適かと思うのです。
こういった自然観察のほか、乗馬トレッキングやピラニア釣り、カヌー散策もあったり、３泊ほどすればちょうどよく、４泊もすればどっぷりと楽しめると思います。
私自身、旅行の手配も承っていますし、日本語ネイチャーガイドとしてご同行することもできます。
７月は冬で、気温は平均すれば最低１５度、最高３０度程度で推移しますが、しばしば寒波がやってくると最低気温５度、最高１５度ということもあります。
７月はパンタナル地方の繁忙期にあたり、世界中から訪問者が集結するので、手配はできるだけ早く始める必要があります。
ちなみに仮に今年ですともうすでにほぼ満員状態です。
取り急ぎこんなことをお伝えしておきます。

おはようございます。
お子様の年齢はおいくつですか。
ボニートの看板アトラクションであるラーゴ・アズウ鍾乳洞の入場は５歳未満だとできません。
そのためボニートをお勧めするのは子供さんが５歳以上である時です。
ボニートは大人も子供も同時に楽しめるところで家族連れにはとても便利なところです。
一般に好みがあるのでツアーというものはなく、各自あらかじめ企画し、予約して、アトラクションが確定してから訪問します。
繁忙期だと現地で希望のアトラクションを確保することは困難です。
見所としては先述の鍾乳洞にシュノーケリングポイントを１～２か所（天然水族館とスクリー川）、滝めぐり、ゴムボートでの川下りなどを日程によって組み込んでいきます。
宿泊には子供さん連れの場合一貫してポウザーダ・アグアス・デ・ボニートをお勧めしています。対話できないとその場その場で発生する疑問に的確にお答えできないのですが、ご質問があればどうぞ。

おはようございます。
私はまさにそういう仕事に携わっています。
ポルトガル語同行通訳、移動手配なども承れます。

こんにちは
ボニート方面の日本語ガイドをしています。
ボニートは基本的に五歳が分岐点で、2歳だと確かに多くの主要アトラクションに参加できませんから原則としてはお勧めせず、あと三年待つように勧めます。
ただしもう二度とチャンスは期待できないとか、よほどの憧れで熱が冷める前に行きたいとか、夫婦交代で参加できる準備があればなんとでもなるでしょう。宿で待たなくてもアトラクションの現場で待つことになります。そのために五日間という日程は必要になりますね。
確かにどこへ行っても浮き輪やライフジャケットを着用すれば沈むことはないのでお子様本人が怖がったりしなければ問題はありませんが、意外に慣れない風景だと普段大丈夫でも気まぐれが起こるのがお子様です。
また足をつけてはいけない場所はシュノーケルポイントで、そういう所は2歳だとまだ入れません。
2歳の子と一緒にできるのは水浴場と呼ばれているところのみで、シュノーケリング、鍾乳洞、川下りはできず、滝巡りでも数キロの距離をおんぶひもでおぶっておくことになると思います。