ロシアの鉄道はよく利用していますので知っていることをお答えします。ただし状況は頻繁に変わりますので、確実なことではないとお考えください。

①使ったことがあります。日本のカードだから使えないということはないと思います。
②普通の列車には往復切符というものが存在しないと思います。行き帰りの切符を別々に買うことになります。同方向へ行く場合には乗り継ぐより一本の列車を探して買った方が安い場合が普通ですが、同じような席でも列車によって値段はまちまちです。
③一般的な購入方法ですが、下に書いたサイトで英語またはロシア語で出発地点と到着地点、日時などを入力し、出てきた列車の中から価格などを考慮してクレジットカードで購入します。ウスリスクからウラジオまでに特別な事情があるのかどうかは知りません。
④出発日の45日前だと思います。その列車の始発日から45日前なのか、乗車駅をその列車が出発する日から45日前なのかは確認してません。下のサイトで価格情報などが出てきていれば買えるということです。

価格や残席情報は
https://rasp.yandex.ru/
で調べた方がわかりやすいです。ここでも購入できますが手数料を取られるかもしれません。
切符の購入は国鉄のサイト
http://pass.rzd.ru/
からすればいいでしょう。座席指定も配置図を見ながらできます。

★日本で購入した電子チケットを印刷して持って行った場合、それだけで切符として車両にすぐ乗り込める場合と、いったん切符売り場の窓口で別の切符に交換してもらう必要がある場合があります。購入サイトにその違いは書いてあります。
★国境をまたぐ列車（中国、モンゴル等）の場合国内列車と購入方法が異なる場合もあります。また、たいてい値段が高くなります。安く済ませたい場合は国境の町で降りてバスなどで越境するという手もあります。

英語は日本と同じくらい通じません。市場やスーパーではまず通じないと思ってください。ただ大学が多く学生の割合が多いので、街中で道を聞く場合、学生っぽい人を見つければ2，3回頑張れば英語が通じる人に会うと思います。
　治安はロシアの他の都市に比べるとずっといいと聞きます。それでも10年くらい住んでいると殴られたり物を奪われたりしたこともあります。ただこれはトムスクに限らず日本や他の国でも同様です。
　確率の問題なので、旅行に出る以上ある程度の危険は覚悟する必要があります。統計的にトムスクの危険率がどれくらいかという情報までは持っていません。
　どこの地域でもいえる一般的な注意を書いておきます。日が明るいうちにの人通りのある街中のみを移動する、旅行者だと悟られないよう大きな荷物を持たない、写真を撮らない、地図を広げない、自分の周囲にいる人を把握しながら歩く、というように注意深く歩くようにすれば危険に遭う確率はぐっと減ります。
　トムスクには街道としてレーニン通り、フルンゼ通り、キロワ通り、コモサモルスキー通りがありこれらは広く人通りもあるのでこれらの通りであれば、そこまで気をはらなくても大丈夫かもしれません。

お書きになられた住所をネットの地図で調べてみました。
https://2gis.ru/tomsk/search/%D0%BD%D0%B8%D0%BA%D0%B8%D1%82%D0%B8%D0%BD%D0%B0%2020/geo/422848120236173/tab/geo?queryState=center%2F84.964029%2C56.47781%2Fzoom%2F18

を開いてみてください。ロシア語ですが、その住所の建物の中には旅行代理店はないようです。ただし、日本に比べ、店舗の入れかわりが非常に激しいので過去には存在していたのかもしれません。

１．トムスクの気候はどのようですか？
回答： 年間の気温は-40度から+30度ぐらいです。真冬でも服装に気を付ければ外出も大丈夫です。乾燥しているので保湿対策が必要です。1月2月を除けば日本本州の冬と同じ程度です。

２．街の雰囲気と治安はどうですか？
回答： 大学が多く学生の街です。治安は他のロシアの都市に比べればいい方だと思います。日本と比べて特に治安が悪いとは思いませんが、トムスクに限らず勝手を知らない場合にはトラブルに巻き込まれる危険があるでしょう。

３．スーパーや商店はどのような感じですか？
回答： スーパーやコンビニは多いです。たいてい22時～23時に閉まりますが24時間の大きなスーパーもあります。

４．国内外の観光客は多いですか？
回答： 観光都市なので国内観光客は多いです。国外からははっきりしませんが、日本からの観光客はめったにいません。