こんにちは。

旅行会社は詳しく無いのですが、工程を知ってる要るので、ちょっとだけこんな感じになりますっとコメントさせて頂きますね。

汽車を使われるのでしたら、ウランバートルから3日の往復で戻るのは少々きついかと思います…。

汽車泊が行きと帰りで2泊になります。

ウランバートルから東ゴビへ向けての列車は夕方発です。(細かい時間はちょっと忘れました)
翌日の明け方にパワースポット地帯が近い駅サインシャンド駅に到着します。
また帰りの汽車はサインシャンド(東ゴビの主要駅)から夕方20時位とと深夜23時位の二本の列車です。
23時代の列車は中国からの国際列車になるので、あらかじめチケットを買っておかないと乗れない可能性もあります。

そんな訳で、もし３日間で行って戻るのであれば、東ゴビ地帯には一泊もせずに戻る事になるかと思います。

１日目の夕方ウランバートルを出発し、２日目の早朝にサインシャンドへ着き、同日の深夜にサインシャンドを出発され、3日目の朝ウランバートルへ着くと行った感じになります。

そうなりますと一番有名なパワースポット一ヵ所だけしかまわれないと思います。
パワースポットトライアングル全てをまわる事は不可能です。

長距離バスでしたら現地に宿泊は可能ですが6～7時間乗りっぱなしで1回食事&トイレ休憩があるだけで、他はノンストップで行きます。
バス乗り場も観光客の方にはちょっと分かりにくい場所にあるので、独り旅でモンゴル語を話せ無いのであれば、お勧めできません。